To jest polecenie gt-readjoiner-prefilter, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online systemu Mac OS
PROGRAM:
IMIĘ
gt-readjoiner-prefilter - Usuń zawarte i niskiej jakości odczyty i zakoduj zestaw odczytów w
Format GtEncseq.
STRESZCZENIE
gt ponownie dołączasz filtr wstępny [opcja ...]
OPIS
-odczyt [ciąg]
podaj domyślną nazwę readsetu: nazwa pliku pierwszego wejściowego pliku_sekwencji
-db
określić listę bibliotek wejściowych (Fast/FastQ); dla bibliotek z jednym końcem użyj
nazwa pliku (która nie może zawierać : symbolika); dla sparowanych bibliotek z
odczytuje przeplatane (f,r,f,r,...) w pojedynczym pliku użyj notacji
: [, ] (stdev można pominąć); dla sparowanego końca z odczytami
w dwóch plikach (f, r) stosować notację : : [, ]
-v [tak|nie]
być gadatliwym (domyślnie: nie)
-q [tak|nie]
wyłącz standardowe komunikaty wyjściowe (domyślnie: nie)
-z [tak|nie]
przechowuj identyfikatory Fasta (lub całe opisy, jeśli są używane razem z -clipdes nie) ostrzeżenie:
zwiększa zapotrzebowanie na pamięć (domyślnie: nie)
-klipy [tak|nie]
przycinaj opisy Fasta po pierwszym spacji ustawione na fałsz, jeśli potrzebujesz całych opisów
(domyślnie: tak)
- memy [tak|nie]
używaj pamięci do przechowywania opisów (domyślnie: używaj tymczasowego miejsca na dysku)
-maksymalnie niski [wartość]
maksymalna liczba pozycji niskiej jakości w odczytywanym domyślnym ustawieniu: nieskończona
-niska jakość [wartość]
maksymalna jakość pozycji, którą należy uznać za niską jakość (domyślnie: 3)
-fred64 [tak|nie]
użyj wyników phred64 dla formatu FastQ (domyślnie: nie)
-Pomoc
wyświetl pomoc dla podstawowych opcji i wyjdź
-pomoc+
wyświetl pomoc dla wszystkich opcji i wyjdź
-wersja
wyświetl informacje o wersji i wyjdź
RAPORTOWANIE ROBAKI
Zgłoś błędy dogt-users@genometools.org>.
Użyj gt-readjoiner-prefilter online za pomocą usług onworks.net