hmm2emit - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

hmm2emit - wygeneruj sekwencje z profilu HMM

STRESZCZENIE

hmm2 emitować [opcje] hmmplik

OPIS

hmm2 emitować czyta plik HMM z hmmplik zawierający jeden lub więcej HMM i generuje plik
liczba sekwencji z każdego HMM; lub, jeśli -c opcja jest wybrana, wygeneruj pojedynczy
konsensus rządów większości. Może to być przydatne w różnych zastosowaniach, w których potrzebny jest:
symulacja sekwencji zgodnych z konsensusem rodziny sekwencji.

Domyślnie hmm2 emitować generuje 10 sekwencji i wysyła je w formacie FASTA (niewyrównany).

OPCJE

-a Zapisz wygenerowane sekwencje w formacie wyrównanym (SELEX), a nie FASTA.

-c Przewiduj pojedynczą sekwencję konsensusu z regułą większości zamiast sekwencji próbkowania
z rozkładu prawdopodobieństwa HMM. Reszty wysoce konserwatywne (p >= 0.9 dla
DNA, p >= 0.5 dla białka) pokazano wielkimi literami; inne są wyświetlane małymi literami.
Niektóre stany wstawkowe mogą stać się częścią konsensusu dotyczącego rządów większości, ponieważ tak jest
stosowany w >= 50% wygenerowanych sekwencji; kiedy to nastąpi, pozostałości generowane przez wstawki
są po prostu pokazane jako „x”.

-h Wydrukuj krótką pomoc; zawiera numer wersji i podsumowanie wszystkich opcji, w tym
opcje eksperckie.

-n Generuj swój sekwencje. Wartość domyślna to 10.

-o Zapisz syntetyczne sekwencje do pliku zamiast zapisywać je na stdout.

-q Cichy; tłumi wszystkie dane wyjściowe z wyjątkiem samych sekwencji. Przydatne do rurociągów
lub kierowanie wyjściem.

EXPERT OPCJE

--nasionko
Ustaw losowe ziarno na , gdzie jest dodatnią liczbą całkowitą. Domyślnie jest używany
czas() wygenerować inny materiał siewny dla każdego przebiegu, co oznacza, że ​​dwa różne
ucieka hmm2 emitować na tym samym HMM da nieco inne wyniki. Możesz użyć
tę opcję, aby generować powtarzalne wyniki.

Użyj hmm2emit online, korzystając z usług onworks.net