kalign - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

kalign - wykonuje wielokrotne dopasowanie sekwencji biologicznych.

STRESZCZENIE

kalibrować [wplik.fasta] [plik wyjściowy.fasta] [Opcje]

kalibrować [-ja wplik.fasta] [-O plik wyjściowy.fasta] [Opcje]

kalibrować [< wplik.fasta] [> plik wyjściowy.fasta] [Opcje]

OPIS

Kalina to narzędzie wiersza poleceń do wykonywania wielu dopasowywania sekwencji biologicznych. Ono
wykorzystuje algorytm Muth?Manber string-matching, aby poprawić zarówno dokładność, jak i szybkość?
linii trasowania. Wykorzystuje globalne, progresywne podejście do dostosowania, wzbogacone o zastosowanie
przybliżony algorytm dopasowywania ciągów do obliczania odległości sekwencji i włączania
lokalne dopasowania do globalnego wyrównania.

OPCJE

-s -gpo -otwórz lukę -przerwa_otwarta x
Kara za otwartą lukę.

-e -gpe -gap_ext -przedłużenie przerwy x
Kara za wydłużenie przerwy.

-t -tgpe -terminal_gap_extension_kara x
Kary za lukę terminalną.

-m -premia -matryca_bonus x
Stała dodana do macierzy podstawień.

-c -sortować <input, drzewo, luki.>
Kolejność, w jakiej sekwencje pojawiają się w dopasowaniu wyjściowym.

-g -funkcja
Wybiera tryb funkcji i określa, które funkcje mają być używane: np. all, maxplp,
STRUKTURA, PFAM-A?

-ten sam_wynik_funkcji
Ocena za dopasowanie tych samych cech.

-diff_feature_score
Kara za dopasowanie różnych cech.

-d -dystans <wu, para>
Metoda odległości

-b -drzewo -drzewo-przewodnik <nj, upgma>
Metoda drzewa przewodnika.

-z -z odcięcie
Parametr używany do obliczania odległości na podstawie wu-manber.

-i -W -Wejście
Nazwa pliku wejściowego.

-o -na zewnątrz -wyjście
Nazwa pliku wyjściowego.

-a -gap_inc
Zwiększa kary za luki w zależności od liczby istniejących luk.

-f -format <fasta, msf, w sumie, klu, macsim>
Format wyjściowy.

-q -cichy
Nie drukuj niczego do STDERR. Nie czytaj nic z STDIN.

LITERATURA

· Timo Lassmann i Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - dokładna i szybka wielokrotność
algorytm dopasowywania sekwencji. BMC Bioinformatyka 6:298

· Timo Lassmann, Oliver Frings i Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
wysokowydajne wielokrotne dopasowanie sekwencji białek i nukleotydów umożliwiające
cechy zewnętrzne. Badania kwasów nukleinowych 3:858-865.

AUTORSKI

Tymianek Lassmanna <timolassmann@gmail.com>
Autor wstępny Kalign.

Charles Plessy <plessy@debian.org>
Napisałem stronę podręcznika.

PRAWA AUTORSKIE

Prawa autorskie © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann

Kalign to darmowe oprogramowanie. Możesz go redystrybuować i/lub modyfikować zgodnie z warunkami
Powszechna Licencja Publiczna GNU opublikowana przez Free Software Foundation.

Ta strona podręcznika została napisana przez Charlesa Plessyplessy@debian.org> dla Debiana(TM)
systemu (ale mogą być używane przez inne osoby). Udziela się pozwolenia na kopiowanie, rozpowszechnianie i/lub
modyfikować ten dokument na tych samych warunkach, co sam kalig.

W systemach Debian pełny tekst Powszechnej Licencji Publicznej GNU w wersji 2 może być:
Znaleziono w /usr/share/common-licenses/GPL-2.

Korzystaj z kalign online, korzystając z usług onworks.net