libscane — Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

libscan - Wyszukiwanie diagnostyczne rodzin białek.

STRESZCZENIE

biblioteka -tryb podstęp -chwyt boolean -henik boolean -Hmm boolean -sama boolean -pssm boolean
-sygn boolean -hmmścieżka ciąg -hmmdost ciąg -hmmścieżka wyjściowa ciąg -hmmoutextn ciąg
-sampath ciąg -taki sam ciąg -samoucieczka ciąg -samoutekst ciąg
-pssmścieżka ciąg -pssmextn ciąg -saletra liczba całkowita -namłócić unosić się -maks liczba całkowita
-pssmoutpath ciąg -pssmoutextn ciąg -gbvpath ciąg -gbvextn ciąg
-gbvgapo unosić się -gbvgape unosić się -gbvścieżka wyjściowa ciąg -gbvoutextn ciąg
-hnfścieżka ciąg -hnfextn ciąg -hnfgapo unosić się -hnfgape unosić się -hnfoutpath ciąg
-hnfoutextn ciąg -sigpath ciąg -sigextn ciąg -termin podstęp -pod macierzf
-sigapo unosić się -sygnał unosić się -sigoutścieżka ciąg -sigoutextn ciąg -db sekwencja
-scopf w pliku

biblioteka -Pomoc

OPIS

biblioteka to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest to część grup poleceń „Protein:3D Structure”.

OPCJE

-tryb podstęp
libscan działa w jednym z dwóch trybów: (i) w trybie wyszukiwania bazy danych lub (ii) w bibliotece
tryb ekranowy. W trybie wyszukiwania bazy danych libscan czyta jeden lub więcej katalogów każdy
zawierające jeden typ elementu różnicującego, dozwolone typy są nieliczne
podpis sekwencji, profil Gribskowa, profil Henikoffa lub ukryty model Markowa. W
trybie ekranu biblioteki, libscan odczytuje zestaw sekwencji, sprawdza każdą sekwencję względem
biblioteka (katalogi elementów rozróżniających) i zapisuje plik skanowania biblioteki (w formacie
rodziny z najlepszymi wynikami) dla każdego z nich. Wartość domyślna: 2

-chwyt boolean
Wartość domyślna: N

-henik boolean
Wartość domyślna: N

-Hmm boolean
Wartość domyślna: N

-sama boolean
Wartość domyślna: N

-pssm boolean
Wartość domyślna: Y

-sygn boolean
Wartość domyślna: N

-hmmścieżka ciąg
Domyślna wartość: ./lib/

-hmmdost ciąg
Wartość domyślna: .hmm

-hmmścieżka wyjściowa ciąg
Domyślna wartość: ./

-hmmoutextn ciąg
Wartość domyślna: .hmmout

-sampath ciąg
Domyślna wartość: ./

-taki sam ciąg
Wartość domyślna: .mod

-samoucieczka ciąg
Domyślna wartość: ./

-samoutekst ciąg
Wartość domyślna: .samout

-pssmścieżka ciąg
Wartość domyślna: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn ciąg
Wartość domyślna: .chk

-saletra liczba całkowita
Wartość domyślna: 1

-namłócić unosić się
Wartość domyślna: 100

-maks liczba całkowita
Wartość domyślna: 1000

-pssmoutpath ciąg
Domyślna wartość: ./

-pssmoutextn ciąg
Wartość domyślna: .pssmout

-gbvpath ciąg
Domyślna wartość: ./

-gbvextn ciąg
Wartość domyślna: .grib

-gbvgapo unosić się
Wartość domyślna: 10.0

-gbvgape unosić się
Wartość domyślna: 0.5

-gbvścieżka wyjściowa ciąg
Domyślna wartość: ./

-gbvoutextn ciąg
Wartość domyślna: .gribout

-hnfścieżka ciąg
Domyślna wartość: ./

-hnfextn ciąg
Wartość domyślna: .henik

-hnfgapo unosić się
Wartość domyślna: 10.0

-hnfgape unosić się
Wartość domyślna: 0.5

-hnfoutpath ciąg
Domyślna wartość: ./

-hnfoutextn ciąg
Wartość domyślna: .henikout

-sigpath ciąg
Domyślna wartość: ./

-sigextn ciąg
Wartość domyślna: .sig

-termin podstęp
Wartość domyślna: 1

-pod macierzf
Wartość domyślna: EBLOSUM62

-sigapo unosić się
Wartość domyślna: 10.0

-sygnał unosić się
Wartość domyślna: 0.5

-sigoutścieżka ciąg
Domyślna wartość: ./

-sigoutextn ciąg
Wartość domyślna: .sigout

-db sekwencja
W trybie wyszukiwania bazy danych libscan skanuje każdy element odróżniający pod kątem sekwencji
ustawić. W trybie ekranu biblioteki libscan odczytuje zestaw sekwencji i przegląda każdą sekwencję
względem biblioteki (katalogi elementów rozróżniających) Wartość domyślna: 49142.vdhf

-scopf w pliku
W obu trybach jako źródło rodziny wymagany jest „plik klasyfikacji scop”.
dane klasyfikacyjne. Plik klasyfikacji scop zawiera klasyfikację i inne dane
dla domen z bazy scop. Plik ma format podobny do embl i jest generowany
przez scopparse. Informacje o sekwencji domeny można dodać do pliku za pomocą funkcji scopseqs.
Wartość domyślna: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

Użyj biblioteki libscane online, korzystając z usług onworks.net