Jest to polecenie mirabait, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
mirabait — wybierz lektury z kolekcji lektur
STRESZCZENIE
Mirabait [-f ] [-t [-T ...]] [-iklor] plik przynęty
OPIS
Mirabait wybiera ze zbioru przeczytanych fragmentów, które są częściowo podobne lub równe
sekwencje zdefiniowane jako przynęty docelowe. Podobieństwo definiuje się poprzez znalezienie możliwości dostosowania przez użytkownika
liczba wspólnych k-merów (sekwencji k kolejnych zasad), które są takie same w przynęcie
sekwencje i sekwencje ekranowane, które mają zostać wybrane, do przodu lub do tyłu
kierunek uzupełnienia.
OPCJE
-f
załaduj ten typ plików projektu, gdzie fromtype to:
sekwencje caf z CAF
sekwencje maf z MAF
Sekwencje doktorat z doktoratu
sekwencje gbf z GBF
sekwencje fasta z FASTA
sekwencje fastq z FASTQ
-t
napisz sekwencje do tego typu (wiele wzmianek o -t są dozwolone):
sekwencje fasta do FASTA
sekwencje fastq do FASTQ
sekwencje caf do CAF
sekwencje maf do MAF
txt nazwy sekwencji do pliku tekstowego
-k k-mer, długość przynęty w podstawach (<32, domyślnie=31)
-n Min. liczba potrzebnych przynęt k-mer (domyślnie=1)
-i Odwrotne trafienie: zapisuje tylko sekwencje, które nie trafiają w przynętę
-r Brak sprawdzania kierunku odwrotnego dopełniacza
-o Przesunięcie jakości fastq (tylko dla -f = 'fastq') Przesunięcie wartości jakości w FASTQ
plik. Wartość domyślna: 33 Próba automatycznego rozpoznania wynosi 0.
-f
załaduj ten typ plików projektu, gdzie fromtype to:
sekwencje caf z CAF
sekwencje maf z MAF
Sekwencje doktorat z doktoratu
sekwencje gbf z GBF
sekwencje fasta z FASTA
sekwencje fastq z FASTQ
-t
napisz sekwencje do tego typu (wiele wzmianek o -t są dozwolone):
sekwencje fasta do FASTA
sekwencje fastq do FASTQ
sekwencje caf do CAF
sekwencje maf do MAF
txt nazwy sekwencji do pliku tekstowego
-k k-mer, długość przynęty w podstawach (<32, domyślnie=31)
-n Min. liczba potrzebnych przynęt k-mer (domyślnie=1)
-i Odwrotne trafienie: zapisuje tylko sekwencje, które nie trafiają w przynętę
-r Brak sprawdzania kierunku odwrotnego dopełniacza
-o Przesunięcie jakości fastq (tylko dla -f = 'fastq') Przesunięcie wartości jakości w FASTQ
plik. Wartość domyślna: 33 Próba automatycznego rozpoznania wynosi 0.
Korzystaj z Mirabait online, korzystając z usług onworks.net