pymol

PROGRAM:

IMIĘ

pymol - darmowy i elastyczny pakiet do grafiki molekularnej i modelowania

STRESZCZENIE

pymol [Opcje] [pliki]

OPIS

Z biegiem lat PyMOL stał się sprawną przeglądarką molekularną z obsługą animacji,
wysokiej jakości renderowanie, krystalografia i inne typowe czynności związane z grafiką molekularną.
Został przyjęty przez setki (a może nawet tysiące) naukowców rozsianych po całym świecie
trzydzieści krajów. Jednak PyMOL wciąż jest w toku, z rozwojem
oczekuje się, że utrzyma się w nadchodzących latach.

OPCJE

Te opcje są obecnie obsługiwane:

-2 Uruchom w trybie myszy dwuprzyciskowej.

-c Tryb wiersza poleceń, bez GUI. Do operacji wsadowych.

-d ciąg
Uruchom ciąg poleceń pymol podczas uruchamiania.

-e Zacznij w trybie pełnoekranowym.

-f #linia
Steruje wyświetlaniem poleceń i informacji zwrotnych w OpenGL (0=poza).

-g plik.png
Napisz plik PNG (po ocenie poprzednich argumentów)

-i Wyłącz wewnętrzny GUI OpenGL (lista obiektów, menu itp.)

-l plik.py
Stwórz program Pythona w nowym wątku.

-o Wyłącz zabezpieczenia plików sesji.

-p Nasłuchuj poleceń na standardowym wejściu.

-q Cichy start. Pomiń ekran powitalny i inne rozmowy.

-r plik.py
Uruchom program w Pythonie (w __główny__) na starcie.

-s scenariusz
Zapisz polecenia w tym skrypcie lub pliku programu PyMOL.

-t Użyj zewnętrznego modułu GUI opartego na Tcl/Tk (pmg_tk).

-u scenariusz
Załaduj i dołącz do tego skryptu lub pliku programu PyMOL.

-x Wyłącz zewnętrzny moduł GUI.

-B Włącz sygnał stereo z niebieską linią (dla systemu Mac stereo)

-G Zacznij w trybie gry.

-M Wymuś mono, nawet jeśli obecne jest sprzętowe stereo.

-R Uruchom program nasłuchujący XMLRPC Grega Landruma.

-S Wymuś i uruchom w stereo, jeśli to możliwe.

-X int -Y int -W int -H int -V int
Dostosuj geometrię okna.

Wszystkie produkty pliki dostarczony zostanie załadowany lub uruchomiony po uruchomieniu PyMOL. Mogą mieć jeden z tych
następujące rozszerzenia:

.pml skrypt poleceń PyMOL do uruchomienia przy starcie
.py[cm] Program w Pythonie uruchamiany przy starcie
.pdb Plik w formacie Protein Data Bank do załadowania podczas uruchamiania
.mmod Format makromodelu do załadowania podczas uruchamiania
.mol Plik MDL MOL do załadowania podczas uruchamiania
.sdf plik MDL SD do przetworzenia i załadowania podczas uruchamiania
.xplor X-PLOR Map file (ASCII) do załadowania przy starcie
.ccp4 Plik mapy CCP4 (BINARNY) do załadowania przy starcie
.cc[12] Plik współrzędnych kartezjańskich ChemDraw 3D
.pkl Model marynowanego ChemPy (klasa "chempy.model.Indeksowany")
.r3d plik Raster3D
Plik .cex CEX (metaforyka)
.top plik topologii AMBER
.crd plik współrzędnych AMBER
.Pierwszy plik restartu AMBER
.trj trajektoria BURSZTYNOWA
.pse plik sesji PyMOL
.phi Delphi/Grasp Mapa potencjału elektrostatycznego

Aby uzyskać listę opcji, możesz również wpisać następujące polecenie w wierszu poleceń pymol:

pomoc wodowanie

POLECENIA

Proszę zapoznać się z dokumentacją online PyMols pod adresem
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category:Polecenia lub jego wewnętrzna pomoc dla polecenia
odniesienie.

Korzystaj z pymol online za pomocą usług onworks.net