To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie mitoMaker, działająca w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako mitoMaker_1.14.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie mitoMaker, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
mitoMaker do pracy w systemie Linux online
OPIS
mitoMaker to skrypt potokowy opracowany w celu uproszczenia składania i automatycznej adnotacji genomów mitochondrialnych w oparciu o surowe odczyty NGS i opcjonalne odniesienie do celu.mitoMaker wywołuje dobrze znane asemblery i algorytmy, takie jak SOAPdenovo, MIRA i blast+ i analizuje ich wyniki, dostarczając łatwo czytelne wyniki, takie jak FASTA, GENBANK, SEQUIN, PNG i inne.
Ogólny rurociąg:
1-iteracyjny montaż De Novo, z różnymi wartościami k-merów, próbujący złożyć kompilację pasującą do podanego docelowego genomu mitochondrialnego.
2-wyszukuje wszystkie cechy genów mitochondrialnych i cyrkulację.
3-sklepy najlepszy znaleziony wynik.
4 - wykorzystuje najlepszy zespół jako szkielet dla złożenia opartego na odniesieniach, używając MIRA i MITObim, próbując rozszerzyć mitogenom i zamknąć luki.
5 – opisuje najlepszy zespół, identyfikując pozycję początkową i końcową każdego elementu.
6 — tworzy folder ze wszystkimi wynikami (PNG, GENBANK, FASTA, SEQUIN, CAF, MAF i plik dziennika statystyk).
Funkcjonalności
- Automatyczna adnotacja genomów mitochondrialnych
- Automatyczny montaż na podstawie surowych odczytów
- Bardzo konfigurowalny za pomocą wiersza poleceń
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Konsola/Terminal
Język programowania
Python
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/mitomaker/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
