To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie EigenMS do uruchamiania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako EigenMS.zip. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie EigenMS, aby działać w systemie Linux online z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
EigenMS do uruchomienia w systemie Linux online
OPIS:
EigenMS to metoda normalizacji zaimplementowana w R (i starszej wersji w Matlabie) dostępna jako zestaw dwóch funkcji, które powinny być używane w sekwencji.Proszę pobrać plik EigenMS.zip (najnowsza wersja).
Najnowsza wersja przesłana w październiku 2017 zawiera poprawkę dotyczącą normalizacji pojedynczej grupy terapeutycznej.
Przeskalowanie zostało pominięte od 2015 roku.
EigenMS wykorzystuje SVD do wykrywania trendów stronniczości w danych i ich eliminacji. EigenMS eliminuje efekty znanych i nieznanych czynników i może być wykorzystany na dowolnej platformie -omicznej.
Jego przydatność w LC-MS/MS i metabolomice wykazaliśmy w dwóch następujących artykułach:
1) PMID: 19602524. „Normalizacja intensywności pików w oddolnej proteomice opartej na MS przy użyciu rozkładu według wartości osobliwych”.
Karpievitch YV, Taverner T, Adkins JN, Callister SJ, Anderson GA, Smith RD, Dabney AR.
Bioinformatyka 2009
2) „Normalizacja danych metabolomicznych za pomocą EigenMS”
Karpievitch YV, Nikolic SB, Wilson R, Sharman JE, Edwards LM.
PLoS One 2014
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
MATLAB, S/R
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/eigenms/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.