To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie ISVASE, której najnowszą wersję można pobrać jako ISVASE1.1.tar.gz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie ISVASE z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZDJĘCIA EKRANU:
ISWAZA
OPIS:
Aby wygenerować prawidłowe dojrzałe mRNA, egzony muszą zostać zidentyfikowane i połączone ze sobą precyzyjnie i wydajnie za pomocą mechanizmu splicingu RNA. Należy zauważyć, że około jedna trzecia lub połowa wszystkich mutacji powodujących choroby wpływa na splicing RNA. Istnieje jednak niewiele narzędzi bioinformatycznych do bezpośredniej identyfikacji wariantów sekwencji związanych ze zdarzeniami składania (SVASE) w oparciu o dane seq RNA. Opracowaliśmy ISVASE, proste i wygodne narzędzie do bezpośredniej identyfikacji SVASE przy użyciu danych RNA-seq. W porównaniu z istniejącym oprogramowaniem PVAAS, nasza metoda ma kilka zalet, takich jak rygorystyczne filtry zależne od reguł i filtry statystyczne na każdym etapie, warianty sekwencji wykrywania dla znanych zdarzeń splicingu, warianty sekwencji identyfikacji w dwóch częściach splicingu (połączenia) oddzielnie, wykrywanie zdarzeń przesunięcia złącza, jeśli dostarczana jest znana adnotacja splicingu, ocena sygnału splicingu, porównywanie ze znanymi danymi dotyczącymi mutacji DNA i / lub edycji RNA oraz krótki czas działania.
Korzyści
- Jest to pierwsze narzędzie do identyfikacji wariantu sekwencji związanego ze zdarzeniem splicingu zarówno dla nowych wariantów splicingu, jak i znanych wariantów splicingu.
- ISVASE najpierw identyfikuje warianty sekwencji dla każdego wariantu splicingu, a następnie identyfikuje warianty sekwencji dla wszystkich powiązanych wariantów splicingu (ten sam początek lub koniec złącza) w celu analizy porównawczej i testu statystycznego.
- ISVASE identyfikuje i ocenia warianty sekwencji dla obu części połączenia oddzielnie, co pozwala na dalsze rozróżnienie wpływu wariantów sekwencji dla różnych części połączenia.
- ISVASE stosuje na różnych etapach kilka rygorystycznych filtrów zależnych od reguł i filtrów statystycznych.
- ISVASE bierze pod uwagę zdarzenia przesunięcia połączeń i sygnały połączeń (5' ss i 3' ss) w celu usunięcia fałszywych wariantów splicingu.
- ISVASE może wykorzystywać dostarczone przez użytkownika dane dotyczące mutacji DNA i edycji RNA w celu wyznaczenia typu źródłowego wariantów sekwencji.
- ISVASE uzyskuje sekwencję flankującą wariantów sekwencji do poszukiwania motywu wzmacniacza splicingu egzonowego.
- ISVASE może przekonwertować domyślny plik wariantów sekwencji na plik formatu wejściowego ANNOVAR w celu adnotacji wariantów.
- ISVASE wykorzystuje 8 cyfr, aby pokazać charakterystykę wariantów sekwencji związanych ze zdarzeniami składania.
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
Perl
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/isvase/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.