Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie Molecular Dynamics Studio, której najnowszą wersję można pobrać w formacie WindowsRelease.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie Molecular Dynamics Studio z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZDJĘCIA EKRANU:
Pracownia Dynamiki Molekularnej
OPIS:
Jest to zbiór modyfikacji oprogramowania stworzonych w celu integracji NanoEngineer-1, PACKMOL i MSI2LMP w celu łatwego tworzenia komórek dynamiki molekularnej. NanoEngineer-1 to molekularne oprogramowanie CAD napisane przez Nanorex, które zapewnia użytkownikowi łatwy sposób tworzenia cząsteczek, podczas gdy modyfikacje oprogramowania pozwalają użytkownikowi na wpisywanie atomów przy użyciu wielu pól siłowych. PACKMOL może wygenerować losowy zbiór cząsteczek przy użyciu szablonów cząsteczek z NanoEngineer-1, zapewniając w ten sposób początkową komórkę MD. Modyfikacje PACKMOL umożliwiają przekazywanie danych typu atomu do oprogramowania MSI2LMP. MSI2LMP tworzy plik wejściowy LAMMPS w oparciu o pola siłowe klasy I lub klasy II. MSI2LMP został zmodyfikowany tak, aby wykorzystywał kodowane numerycznie dane pola siłowego generowane przez NanoEngineer-1. Format pliku MMP został rozszerzony i zintegrowany we wszystkich trzech aplikacjach.
http://www.nanoengineer-1.net
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
http://lammps.sandia.gov/
Korzyści
- Molekularne możliwości CAD dzięki NanoEngineer-1
- Ręczne wpisywanie atomów w oparciu o pole sił atomowych CFF91
- Twórz szablony cząsteczek za pomocą NanoEngineer-1
- Wygeneruj komórkę MD za pomocą PACKMOL i wielu szablonów cząsteczek
- Wygeneruj plik wejściowy geometrii LAMMPS za pomocą MSI2LMP
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
OpenGL, Qt
Język programowania
Fortran, Python, C++, C
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/moleculardynami/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.