Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie rRNAFinder, której najnowszą wersję można pobrać jako rRNAFinder-v1.1.1.zip. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie rRNAFinder z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
rRNAFinder
OPIS:
rRNAFinder to mały pakiet oprogramowania perl, który może być używany do automatycznego przewidywania i klasyfikowania genów rybosomalnego RNA przy użyciu zebranych kontigów genomu/metagenomu jako danych wejściowych. Oprogramowanie zostało przetestowane tylko w systemie operacyjnym Linux.
Program „rRNAFinder.pl” zawarty w pakiecie wykorzystuje program nhmmer przeszukujący bazy danych arc.hmm, bac.hmm i euk.hmm do identyfikacji genów rRNA z kontigów wejściowych. Predykowane geny rRNA obejmują geny rRNA 16S, 18S, 23S, 28S, 5S i 5.8S.
Program "rna2taxon.pl" akceptuje powyżej wygenerowane sekwencje genów rRNA w formacie fasta jako dane wejściowe do wytworzenia przypisań taksonomicznych dla genów wejściowych. Wejściowe sekwencje genów rRNA są przeszukiwane w pobranych i przeformatowanych bazach danych SILVA SSU i LSU przy użyciu blastn.
Proszę odnieść się do pliku README.md z repozytorium rRNAFinder GitHub znajdującego się pod adresem https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder aby uzyskać instrukcje dotyczące konfiguracji i uruchamiania rRNAFinder
Korzyści
- Przewidywanie genów rRNA (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s genów rRNA)
- Przypisanie taksonomiczne przewidywanych genów rRNA za pomocą przeszukiwania blastn w bazach danych SILVA SSU i LSU
- Szybki i może korzystać z wielu wątków procesora
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.