Este é o comando ABYSS que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
ABYSS - reúna leituras curtas em contigs
SINOPSE
Abismo [OPÇÃO] ... ARQUIVO...
DESCRIÇÃO
Reúna todos os arquivos de entrada, FILE, que podem estar em FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM ou
Formato BAM e pode ser compactado com gz, bz2 ou xz e pode ser tarred.
Os usuários que desejam executar uma montagem completa com ABySS são recomendados a usar o abyss-pe como seu
ponto de entrada em vez do programa ABYSS. abyss-pe é um Makefile que coordena muitos
das ferramentas ABySS (incluindo ABYSS) para executar todo o pipeline de montagem ABySS.
abyss-pe é capaz de fazer muitas coisas que o ABYSS não é, como alavancar o
informações de distância fornecidas por leituras de extremidades emparelhadas e leituras de pares de pares.
--castidade
descartar leituras não castas [padrão]
--não-castidade
não descarte leituras não castas
--trim-mascarado
apara bases mascaradas do final das leituras [padrão]
--no-trim-masked
não apare as bases mascaradas do final das leituras
-q, --qualidade de acabamento=LIMITE
apara bases do final de leituras cuja qualidade é menor que o limite
-Q, --qualidade de máscara=LIMITE
mascarar todas as bases em leituras cuja qualidade é inferior ao limite
--Qualidade Padrão
qualidade zero é `! ' (33)
padrão para arquivos FASTQ e SAM
- qualidade de alumina
qualidade zero é `@ '(64)
padrão para qseq e arquivos de exportação
-o, --Fora=ARQUIVO
escreva os contigs em FILE
-k, --km=KMER_SIZE
tamanho k-mer
-t, --comprimento do corte=TRIM_LENGTH
comprimento máximo das bordas pendentes para aparar
-c, --cobertura=COBERTURA
remover contigs com cobertura média de k-mer menor que este limite
-b, --bolhas=N
bolhas de ar mais curtas do que N bp (padrão: 3 * k).
-b0, - sem bolhas
não estoure as bolhas
-e, --corroer=COBERTURA
erodir bases nas extremidades de contigs cegos com cobertura menor que este limite
-E, --erode-strand=COBERTURA
erodir bases nas extremidades de contigs contundentes com cobertura inferior a este limite em
qualquer uma das vertentes
--coverage-hist=ARQUIVO
registre o histograma de cobertura k-mer em FILE
-g, --gráfico=ARQUIVO
gerar um gráfico em formato de ponto
-s, --snp=ARQUIVO
gravar bolhas estouradas em FILE
-v, --verbose
exibir saída detalhada
--Socorro exibir esta ajuda e sai
--versão
informações de saída da versão e sai
Use o ABYSS online usando os serviços onworks.net