cdhit-454 - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

cd-hit-454 - agrupar sequências rapidamente, otimizado para dados 454

SINOPSE

CDhit-454 [Opções]

DESCRIÇÃO

====== CD-HIT versão 4.6 (construído em 23 de janeiro de 2016) ======

Opções

-i nome de arquivo de entrada em formato fasta, obrigatório

-o nome do arquivo de saída, obrigatório

-c limite de identidade de sequência, padrão 0.98, esta é uma "identidade de sequência global"
calculado como: número de aminoácidos idênticos em alinhamento dividido pelo total
comprimento da sequência mais curta + lacunas

-b largura de banda do alinhamento, padrão 10

-M limite de memória (em MB) para o programa, padrão 800; 0 para ilimitado;

-T número de threads, padrão 1; com 0, todas as CPUs serão usadas

-n word_length, default 10, consulte o guia do usuário para escolhê-lo

-al cobertura de alinhamento para a sequência mais longa, padrão 0.0 se definido como 0.9, o
o alinhamento deve cobrir 90% da sequência

-AL controle de cobertura de alinhamento para a sequência mais longa, padrão 99999999 se definido como 60,
e o comprimento da sequência é 400, então o alinhamento deve ser> = 340 (400-60)
resíduos

-Como cobertura de alinhamento para a sequência mais curta, padrão 0.0 se definido como 0.9, o
o alinhamento deve cobrir 90% da sequência

-COMO controle de cobertura de alinhamento para a sequência mais curta, padrão 99999999 se definido como 60,
e o comprimento da sequência é 400, então o alinhamento deve ser> = 340 (400-60)
resíduos

-B 1 ou 0, padrão 0, por padrão, as sequências são armazenadas na RAM se definido como 1, sequência
são armazenados no disco rígido, é recomendado o uso -B 1 para bancos de dados enormes

-g 1 ou 0, padrão 0 pelo algoritmo padrão do hit de cd, uma sequência é agrupada no
primeiro cluster que atinge o limite (cluster rápido). Se definido como 1, o programa irá
agrupe-o no cluster mais semelhante que atenda ao limite (preciso, mas lento
modo), mas 1 ou 0 não mudará os representantes dos clusters finais

-D tamanho máximo por indel, padrão 1

-Combine pontuação correspondente, padrão 2

-incompatibilidade
pontuação incompatível, padrão -1

-Gap = Vão pontuação de abertura da lacuna, padrão -3

-gap-ext
pontuação de extensão de lacuna, padrão -1

-bin gravar arquivo de cluster de backup (1 ou 0, padrão 0)

-h imprima esta ajuda

Perguntas, bugs, entre em contato com Weizhong Li em liwz@sdsc.edu

Se você achar que o hit de cd é útil, por favor, cite:

"Agrupamento de sequências altamente homólogas para reduzir o tamanho da proteína grande
banco de dados ", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski & Adam Godzik. Bioinformatics, (2001)
17: 282-283 "Cd-hit: um programa rápido para agrupar e comparar grandes conjuntos de
proteínas ou sequências de nucleotídeos ", Weizhong Li & Adam Godzik. Bioinformatics, (2006)
22: 1658-1659 "Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun e Weizhong Li. Artificiais e
duplicatas naturais em leituras de pirosequenciamento de dados metagenômicos. BMC Bioinformática
(2010) 11: 187

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