Este é o comando delta-filter que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
delta-filter - lê um arquivo de alinhamento delta do nucmer ou promer e filtra o
alinhamentos
SINOPSE
filtro delta [opções]
DESCRIÇÃO
-1 Alinhamento 1 para 1 permitindo rearranjos (interseção de -r e -q alinhamentos)
-g Alinhamento global 1 para 1 não permitindo rearranjos
-h Exibir informações de ajuda
-i flutuar
Defina a identidade de alinhamento mínima [0, 100], padrão 0
-l int Defina o comprimento mínimo de alinhamento, padrão 0
-m Alinhamento muitos para muitos permitindo rearranjos (união de -r e -q alinhamentos)
-q Mapeia cada posição de cada consulta para seu melhor acerto na referência, permitindo que
sobreposições de referência
-r Mapeia cada posição de cada referência para seu melhor acerto na consulta, permitindo que
sobreposições de consulta
-u float Defina a exclusividade de alinhamento mínimo, ou seja, a porcentagem de
o alinhamento que corresponde à referência exclusiva E sequência de consulta [0, 100], padrão 0
-o flutuar
Defina a sobreposição máxima de alinhamento para -r e -q opções como uma porcentagem do
comprimento do alinhamento [0, 100], padrão 100
-v Imprima os alinhamentos descartados em vez daqueles que passam pelos filtros
-b Duplicações de mapas (XOR de -r e -q alinhamentos, um ou outro, mas não ambos)
Lê um arquivo de alinhamento delta do nucmer ou promer e filtra os alinhamentos com base
nas opções de linha de comando, deixando apenas os alinhamentos desejados que são enviados para
stdout no mesmo formato delta da entrada. Para vários interruptores, ordem das operações
é como se segue: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Se um alinhamento for excluído por um precedente
operação, ele será ignorado pelas operações subsequentes.
Uma distinção importante entre o -g opção e -1 e -m opções são aquelas -g
requer que os alinhamentos sejam mutuamente consistentes em sua ordem, enquanto o -1 e -m
as opções não precisam ser mutuamente consistentes e, portanto, tolerar translocações,
inversões, etc. Em casos gerais, o -m opção é a melhor escolha, no entanto -1 pode ser
útil para aplicações como localização de SNP, que requerem um mapeamento 1 para 1. Finalmente, para
mapeamento de contigs de consulta, ou leituras de sequenciamento, para um genoma de referência, use -q. O
duplicações impressas com o -b opção são -r e -q alinhamentos que não estão presentes em
o alinhamento 1 para 1. Esses alinhamentos também são a diferença entre os -1 e -m
alinhamentos
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