Este é o comando edialigne que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
edialign - Alinhamento múltiplo local de sequências
SINOPSE
edialinha -seqüências conjunto de sequências -nucmode Lista -revcomp booleano [-sobreposição doadores, ]
[-ligação Lista] [-maxfragl número inteiro] -fragmat booleano -fragsim número inteiro
[-sua pontuação booleano] [-limiar flutuar] -mascarar booleano -dostars booleano
-estrela número inteiro -arquivo de saída arquivo de saída -outseq seqoutall
edialinha -Socorro
DESCRIÇÃO
edialinha é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Alinhamento: Vários".
OPÇÕES
Entrada seção
-seqüências conjunto de sequências
Adicional seção
-nucmode Lista
Modo de alinhamento de sequência de ácido nucleico (simples, traduzido ou misto) Valor padrão: n
-revcomp booleano
Valor padrão: N
-sobreposição doadores,
Por padrão, pesos de sobreposição são usados quando Nseq = <35, mas você pode definir como 'sim' ou
'não' Valor padrão: padrão (quando Nseq = <35)
-ligação Lista
Método de agrupamento para construir árvore de sequência (UPGMA, ligação mínima ou máxima
ligação) Valor padrão: UPGMA
-maxfragl número inteiro
Valor padrão: 40
-fragmat booleano
Valor padrão: N
-fragsim número inteiro
Valor padrão: 4
-sua pontuação booleano
Valor padrão: N
-limiar flutuar
Valor padrão: 0.0
saída seção
-mascarar booleano
Valor padrão: N
-dostars booleano
Valor padrão: N
-estrela número inteiro
Valor padrão: 4
-arquivo de saída arquivo de saída
-outseq seqoutall
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