gmx-spatial - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-spatial - Calcula a função de distribuição espacial

SINOPSE

gmx espacial [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[agora] [- [não] pbc]
[- [não] div] [-assinar ] [-bin ] [-nab ]

DESCRIÇÃO

gmx espacial calcula a função de distribuição espacial e a produz de uma forma que pode
ser lido pelo VMD como formato de cubo Gaussian98. Para um sistema de 32,000 átomos e 50 ns
trajetória, o SDF pode ser gerado em cerca de 30 minutos, com a maior parte do tempo dedicado
para as duas passagens através trjconv que são necessários para centralizar tudo corretamente. Esse
também ocupa um monte de espaço (3 cópias do arquivo de trajetória). Ainda assim, as fotos
são bonitos e muito informativos quando a seleção adequada é feita. 3-4 átomos em
um grupo amplamente móvel (como um aminoácido livre em solução) funciona bem, ou selecione o
backbone de proteína em uma estrutura dobrada estável para obter o SDF de solvente e olhar para o
shell de solvatação com média de tempo. Também é possível usar este programa para gerar o SDF
com base em alguma coordenada cartesiana arbitrária. Para fazer isso, basta omitir o preliminar gmx
trjconv passos.

Uso:

1. Usar gmx make_ndx para criar um grupo contendo os átomos em torno dos quais você deseja que o SDF

2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcenter tric -você compacto -pbc Nenhum

3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -ajuste podridão + trans

4. correr gmx espacial na c.tng resultado da etapa # 3.

5. Carga grade.cubo em VMD e veja como uma isosuperfície.

Note que sistemas como micelas exigirão gmx trjconv -pbc cacho entre as etapas 1
e 2.

Advertências
O SDF será gerado para um cubo que contém todos os bins que possuem algum valor diferente de zero
ocupação. No entanto, o preparatório -ajuste podridão + trans opção para gmx trjconv implica que
seu sistema estará girando e traduzindo no espaço (para que o grupo selecionado
não). Portanto, os valores retornados serão válidos apenas para algumas regiões
em torno de seu grupo / coordenada central que tem total sobreposição com o volume do sistema em todo
todo o sistema transladado / girado ao longo da trajetória. Depende do
usuário para garantir que seja esse o caso.

Arriscado opções
Para reduzir a quantidade de espaço e tempo necessários, você pode produzir apenas as coordenadas que são
vai ser usado na primeira e subsequente execução gmx trjconv. No entanto, certifique-se de
definir o -nab opção para um valor suficientemente alto, uma vez que a memória é alocada para caixas de cubo
com base nas coordenadas iniciais e o -nab valor da opção.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estrutura + massa (db): tpr gro g96 pdb quebrar ent

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

- [não] pbc (no)
Use condições de limite periódicas para calcular distâncias

- [não] div (sim)
Calcule e aplique o divisor para ocupações de bin com base em átomos / cubo mínimo
Tamanho. Definido como TRUE para visualização e como FALSE (-nodiv) para obter contagens precisas
por quadro

-assinar (-1)
Não exiba este número de cubos externos (valores positivos podem reduzir o limite
manchas; -1 garante que a superfície externa seja visível)

-bin (0.05)
Largura das caixas (nm)

-nab (4)
Número de caixas adicionais para garantir a alocação de memória adequada

CONHECIDO QUESTÕES

· Quando a memória alocada não é grande o suficiente, pode ocorrer uma falha de segmentação. Isto é
geralmente detectado e o programa é interrompido antes da falha enquanto exibe um aviso
mensagem sugerindo o uso do -nab (Número de bandejas adicionais) opção. No entanto, o
programa não detecta todos esses eventos. Se você encontrar uma falha de segmentação, execute-o
novamente com um aumento -nab valor.

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