hmm2emit - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

hmm2emit - gerar sequências de um perfil HMM

SINOPSE

hmm2emit [opções] arquivo hmm

DESCRIÇÃO

hmm2emit lê um arquivo HMM de arquivo hmm contendo um ou mais HMMs e gera um
número de sequências de cada HMM; ou, se o -c opção for selecionada, gerar um único
consenso da regra da maioria. Isso pode ser útil para várias aplicações em que é necessário um
simulação de sequências consistentes com um consenso de família de sequências.

Por padrão, o hmm2emit gera 10 sequências e as produz no formato FASTA (não alinhado).

OPÇÕES

-a Grave as sequências geradas em um formato alinhado (SELEX) em vez de FASTA.

-c Prever uma única sequência de consenso de regra da maioria em vez de sequências de amostragem
da distribuição de probabilidade do HMM. Resíduos altamente conservados (p> = 0.9 para
DNA, p> = 0.5 para proteína) são mostrados em maiúsculas; outros são mostrados em letras minúsculas.
Alguns estados de inserção podem se tornar parte do consenso da regra da maioria, porque são
usado em> = 50% das sequências geradas; quando isso acontece, resíduos gerados por inserção
são simplesmente mostrados como "x".

-h Imprima uma breve ajuda; inclui o número da versão e um resumo de todas as opções, incluindo
opções de especialistas.

-n Gerar sequências. O padrão é 10.

-o Salve as sequências sintéticas em um arquivo em vez de gravá-los no stdout.

-q Quieto; suprimir todas as saídas, exceto as próprias sequências. Útil para tubulação
ou direcionando a saída.

EXPERT OPÇÕES

--semente
Defina a semente aleatória para , onde é um número inteiro positivo. O padrão é usar
Tempo() para gerar uma semente diferente para cada execução, o que significa que duas diferentes
corridas de hmm2emit no mesmo HMM dará resultados ligeiramente diferentes. Você pode usar
esta opção para gerar resultados reproduzíveis.

Use hmm2emit online usando serviços onworks.net