Este é o comando pbdagcon que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
pbdagcon - consenso de sequência usando gráficos acíclicos direcionados
DESCRIÇÃO
pbdagcon é uma ferramenta que implementa DAGCon (Directed Acyclic Graph Consensus), que é um
algoritmo de consenso de sequência baseado no uso de gráficos acíclicos direcionados para codificar múltiplos
alinhamento de sequência.
Ele usa as informações de alinhamento de explosão(1) para alinhar as leituras de sequência a um "backbone"
seqüência. Com base no gráfico acíclico direcionado de alinhamento subjacente (DAG), será capaz
usar as novas informações das leituras para encontrar as discrepâncias entre as leituras e
as sequências "backbone". Um processo de programação dinâmica é então aplicado ao DAG para
encontre a sequência ótima de bases como o consenso. O novo consenso pode ser usado como um
nova sequência de backbone para melhorar iterativamente a qualidade do consenso.
Embora o código seja desenvolvido para processar dados de sequência bruta do PacBio (TM), o algoritmo pode
ser usado para fins de consenso geral. Atualmente, leva apenas entrada FASTA. Para mais curto
ler sequências, pode ser necessário ajustar o explosão(1) parâmetros de alinhamento para obter o
coluna de alinhamento corretamente.
O código e a estrutura de dados gráficos subjacentes foram usados para algum algoritmo
prototipagem de desenvolvimento, incluindo leituras de fases, pré-montagem e uma solução alternativa para
gerar consenso a partir de saídas intermediárias do Celera Assembler.
OPÇÕES
Um resumo das opções está disponível no menu de ajuda do programa.
--Socorro Mostra o resumo das opções.
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