Este é o aplicativo Linux denominado simulate_pcr, cuja versão mais recente pode ser baixada como simulate_PCR-v1.2.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado simulate_pcr com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
simular_pcr
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DESCRIÇÃO
Avaliar a especificidade do primer e prever os produtos de amplificação desejados e fora do alvo é uma etapa essencial para um projeto de ensaio de PCR robusto. Este script prevê amplicons de reação em cadeia da polimerase (PCR) em um grande banco de dados de sequência, como NCBI nt de singleplex ou um grande conjunto multiplexado de primers, permitindo primer degenerado e bases de sonda, com tolerância de incompatibilidade alvo e intervalo de comprimento de amplicon a ser definido por o usuário. O código de simulação de amplicon de PCR também anota amplicons com informações do gene baixadas automaticamente do NCBI e, opcionalmente, pode prever se também há correspondências de sonda TaqMan / Luminex nos amplicons previstos. É um script Perl de linha de comando de código aberto chamado simulate_PCR.pl que chama os programas BLAST (Altschul, et al., 1990) makeblastdb, blastn e blastdbcmd, e o utilitário efetch NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
