Este é o aplicativo Linux chamado EigenMS para rodar em Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como EigenMS.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado EigenMS para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
EigenMS para rodar em Linux online
DESCRIÇÃO:
EigenMS é um método de normalização implementado em R (e uma versão anterior em Matlab) disponível como um conjunto de duas funções que devem ser usadas em uma sequência.Baixe o arquivo EigenMS.zip (versão mais recente).
A última versão carregada em outubro de 2017 tem uma correção de bug para normalização de grupo de tratamento único.
O reescalonamento foi omitido em 2015.
EigenMS utiliza SVD para detectar tendências de polarização nos dados e as elimina. EigenMS elimina efeitos de fatores conhecidos e desconhecidos e pode ser utilizado para qualquer plataforma -omic.
Mostramos sua utilidade em LC-MS / MS e metabolômica nos dois artigos a seguir:
1) PMID: 19602524. "Normalização de intensidades de pico em proteômica baseada em MS de baixo para cima usando decomposição de valor singular".
Karpievitch YV, Taverner T, Adkins JN, Callister SJ, Anderson GA, Smith RD, Dabney AR.
Bioinformática 2009
2) "Normalização de dados metabolômicos com EigenMS"
Karpievitch YV, Nikolic SB, Wilson R, Sharman JE, Edwards LM.
PLoS Um 2014
Público
Ciência / Pesquisa
Linguagem de Programação
MATLAB, S / R
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/eigenms/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.