Este é o aplicativo do Windows denominado codonPhyML, cuja versão mais recente pode ser baixada como codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado codonPhyML com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie qualquer emulador on-line OS OnWorks a partir deste site, mas um emulador on-line melhor do Windows.
- 5. No sistema operacional OnWorks Windows que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo e instale-o.
- 7. Baixe o Wine de seus repositórios de software de distribuição Linux. Depois de instalado, você pode clicar duas vezes no aplicativo para executá-lo com o Wine. Você também pode experimentar o PlayOnLinux, uma interface sofisticada do Wine que o ajudará a instalar programas e jogos populares do Windows.
Wine é uma forma de executar software Windows no Linux, mas sem a necessidade de Windows. Wine é uma camada de compatibilidade do Windows de código aberto que pode executar programas do Windows diretamente em qualquer desktop Linux. Essencialmente, o Wine está tentando reimplementar o suficiente do Windows do zero para que possa executar todos os aplicativos do Windows sem realmente precisar do Windows.
CAPTURAS DE TELA:
códonPhyML
DESCRIÇÃO:
codonPhyML usa modelos de códon Markovianos de evolução na reconstrução da filogenia. Dado um conjunto de espécies caracterizadas por suas sequências de DNA como entrada, codonPhyML retornará a árvore filogenética que melhor descreve sua relação evolutiva. Nosso artigo que descreve codonPhyML foi publicado na revista "Molecular Biology and Evolution" (MBE). Para mais detalhes, acesse o link: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML está na capa do MBE! Confira (agosto de 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Para a versão multimodelo do CodonPhyML, use o tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
Recursos
- Modelos de códon de evolução de Markovian: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- Heurística de pesquisa de topologia de árvore NNI e SPR
- parâmetros de taxa de substituição estimados por máxima verossimilhança
- suporte a vários núcleos por meio de OpenMP
- probabilidade comparável em diferentes modelos (ou seja, AA, NT e CODON)
Público
Ciência / Pesquisa, Educação
Interface com o usuário
Console / Terminal, linha de comando
Linguagem de Programação
C
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.