Aceasta este comanda abacas care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
abacas - Contiguare automată bazată pe algoritmi a secvențelor asamblate
REZUMAT
abacas -r ref -q qs -p prog [OPȚIUNI]
OR
abacas -r ref -q psf -e
ref secvență de referință într-un singur fișier fasta
qs contigs în format multi-fasta
Rog Programul MUMmer de utilizat: „nucmer” sau „promer”
psf pseudomolecule/fișier de secvență ordonată în format fasta
OPŢIUNI
-h utilizarea tipăririi
-d utilizați parametrii numeric/promer impliciti
-s int lungimea minimă a cuvântului care se potrivește exact (nucmer default = 12, promer default
= 4)
-m tipăriți contigs comandați pentru a fi în format multifasta
-b imprimați contigs în bin la fișier
-N imprimați o pseudomoleculă fără „N”-uri
-i int identitate procentuală minimă [implicit 40]
-v int acoperire contig minimă [implicit 40]
-V int diferență de acoperire contig minimă [implicit 1]
-l int lungime contig minimă [implicit 1]
-t rulați tblastx pe contig-uri care nu sunt mapate
-g șir (nume fișier) tipăriți regiunile descoperite (lacunele) cu referire la numele fișierului
-a adăugați contigs în bin la pseudomoleculă
-o Fișierele de ieșire prefix vor avea acest prefix
-P alegeți seturi de grund pentru a închide golurile
-f număr int de baze de flancare de fiecare parte a unui gol pentru proiectarea grundului (implicit
350)
-R int Rulați mummer [implicit 1, utilizați -R 0 pentru a evita alergarea mummer]
-e Escape contig comandă, adică mergi la design primer
-c Secvența de referință este circulară
DESCRIERE
ABACAS este destinat să contigueze rapid (alinierea, ordonarea, orientarea), vizualizarea și proiectarea
amorse pentru a închide golurile pe contiguri asamblate de pușcă pe baza unei secvențe de referință.
ABACAS folosește MUMmer pentru a găsi pozițiile de aliniere și pentru a identifica sinteniile contig-urilor asamblate
împotriva referinței. Ieșirea este apoi procesată pentru a genera o preluare de pseudomolecule
suprapuneri contig și lacune în considerare. ABACAS generează un fișier de comparație care poate
poate fi folosit pentru a vizualiza contig ordonate și orientate în ACT. Synteny este reprezentată de roșu
bare în care intensitatea culorii scade cu valori mai mici ale procentului de identitate între
blocuri comparabile. Informații despre contigs, cum ar fi orientarea, identitatea procentuală,
Acoperirea și suprapunerea cu alte contig-uri pot fi, de asemenea, vizualizate prin încărcarea rezultatului
fișier de caracteristici pe ACT.
Utilizați abacas online folosind serviciile onworks.net