Aceasta este comanda ABYSS care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
ABYSS - asamblați citirile scurte în contig-uri
REZUMAT
Abis [OPȚIUNE] ... FILE...
DESCRIERE
Asamblați toate fișierele de intrare, FILE, care pot fi în FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM sau
BAM și poate fi comprimat cu gz, bz2 sau xz și poate fi tarnat.
Utilizatorilor care doresc să ruleze un ansamblu complet cu ABySS li se recomandă să folosească abyss-pe ca lor
punct de intrare mai degrabă decât programul ABYSS. abyss-pe este un Makefile care coordonează multe
a instrumentelor ABySS (inclusiv ABYSS) pentru a rula întreaga conductă de asamblare ABySS.
abyss-pe este capabil să facă multe lucruri pe care ABYSS nu este, cum ar fi să folosească
informații despre distanță furnizate de citirile de sfârșit pereche și citirile de pereche de pereche.
--castitate
renunțați la citirile neplăcute [implicit]
--fără-castitate
nu aruncați citirile neplăcute
--trim-mascat
tăiați bazele mascate de la capetele citirilor [implicit]
--fără-tuns-mascat
nu tăiați bazele mascate de la capetele citirilor
-q, --calitatea-tăierii=THRESHOLD
tăiați bazele de la capetele citirilor a căror calitate este mai mică decât pragul
-Q, --mască-calitate=THRESHOLD
masca toate bazele în citiri a căror calitate este mai mică decât pragul
--calitate standard
calitatea zero este `!' (33)
implicit pentru fișierele FASTQ și SAM
--calitate-lumina
calitatea zero este „@” (64)
implicit pentru qseq și fișierele de export
-o, --afara=FILE
scrieți contig-urile în FILE
-k, --kmer=KMER_SIZE
dimensiunea k-mer
-t, --lungimea-tăierii=TRIM_LENGTH
lungimea maximă a marginilor suspendate de tăiat
-c, --acoperire=ACOPERIRE
eliminați contigs cu o acoperire k-mer medie mai mică decât acest prag
-b, --bule=N
bule pop mai scurte decât N bp (implicit: 3*k).
-b0, --fara-bule
nu spargeți bule
-e, --eroda=ACOPERIRE
erodați bazele de la capetele contigurilor contondente cu acoperire mai mică decât acest prag
-E, --erode-suvita=ACOPERIRE
erodați bazele de la capetele contigurilor contondente cu acoperire mai mică decât acest prag
fie sunet
--acoperire-hist=FILE
înregistrați histograma de acoperire k-mer în FILE
-g, --grafic=FILE
generați un grafic în format punct
-s, --snp=FILE
înregistrați bulele izbucnite în FILE
-v, --verbos
afișează o ieșire verbosă
--Ajutor afișați acest ajutor și ieșiți
--versiune
informații despre versiunea de ieșire și ieșire
Utilizați ABYSS online folosind serviciile onworks.net