asnval - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

asnval - validează înregistrările secvenței biologice ASN.1

REZUMAT

asnval [-] [-A] [-B] [-C N] [-D] [-E str] [-F] [-G] [-J] [-K] [-L nume de fișier] [-M]
[-N steaguri] [-P N] [-Q N] [-R N] [-S N] [-T] [-U] [-X] [-Y] [-Z] [-a tip] [-b] [-c]
[-d cale] [-e] [-f str] [-i nume de fișier] [-k] [-l] [-o nume de fișier] [-p cale] [-q] [-r] [-u]
[-v N] [-x str]

DESCRIERE

asnval este un instrument de linie de comandă pentru validarea înregistrărilor de secvențe biologice în format ASN.1.

OPŢIUNI

Un rezumat al opțiunilor este inclus mai jos.

- Imprimați mesajul de utilizare

-A Validați aliniamente

-B Validați codurile de bare

-C N Număr maxim

-D Dezactivați suprimarea mesajelor

-E str Doar cod de eroare de afișat

-F Testați accesul la rețea

-G Căutare GI de la aderare

-J Necesită ISO-JTA?

-K Rezumatul fișierului de erori

-L nume de fișier
Fișierul jurnal

-M Potriviți locus_tag cu ID general

-N steaguri
Steaguri latitudine-longitudine / țară
0 nici unul
1 stat/provinție de testare
2 ignoră excepția de apă
3 ambele de mai sus

-P N Cea mai mare severitate pentru eroare de afișat:
0 nici unul
1 informativ
2 avertisment
3 eroare (implicit pentru -Q)
4 motive de respingere (implicit pentru -P, -R)

-Q N Cea mai scăzută gravitate a erorii de afișat, per P

-R N Severitatea erorii în codul de returnare, per P

-S N Numărarea sărituri

-T Utilizați fire

-U Depunerea centrului genomului

-X Verificarea îmbinării exonului

-Y Verificați cu vechile ID-uri

-Z Preluare de la distanță a produsului CDS

-a tip
Tip de intrare ASN.1:
a Automat (implicit)
c Catenat
z Oricare
e seq-Entry
b Bioseq
s bioseq-Set
m secv-subMit
t lot bioseq-set
u batch seq-Submit

-b Fișierul batch este binar

-c Fișierul batch este comprimat

-d cale
Calea către datele ASN.1 binare indexate

-e Ignorați transcrierea/traducerea excepțiilor

-x str Filtru subșir

-i nume de fișier
Fișier de intrare unic (intrare standard în mod implicit)

-k Preluare locală

-l Blocați componentele în avans

-o nume de fișier
Fișier de ieșire unic

-p cale
Calea către fișierele ASN.1

-q Căutarea taxonomiei

-r Preluare de la distanță de la ID

-u Recurs

-v N Verbositate:
1 raport standard (implicit)
2 Accesare / severitate / cod (spațiu delimitat)
3 Accesare / severitate / cod (delimitat de tabele)
4 Raport XML
5 Accesare / GI / severitate / cod (delimitat de tabele)

-x str Subșir de selecție a fișierului (.ent în mod implicit)

Utilizați asnval online folosind serviciile onworks.net