Aceasta este comanda autodocktools care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
adt - AutoDockTools, un front-end grafic pentru AutoDock
REZUMAT
runAdt [Opțiuni]
DESCRIERE
Această pagină de manual este o traducere aproape literală a rezultatelor furnizate de runAdt -h
comanda.
OPŢIUNI
Un rezumat al opțiunilor este inclus mai jos. Pentru o descriere completă, consultați
tutoriale și documentație disponibilă online.
-h, --Ajutor
Afișează rezumatul opțiunilor.
-a or --din nou
redați ultimul fișier jurnal
--overwriteLog
suprascrie fișierul jurnal
--uniqueLog
creați un fișier jurnal cu un nume unic
--noLog
dezactivați înregistrarea
--noSplash
dezactivați Splash Screen
--a muri nu porniți bucla de evenimente GUI
--personalizator fişier
rulați fișierul specificat de utilizator
--lib numele pachetului
adăugați o bibliotecă de comenzi
-v r, --viziune alerga
rulați rețele de viziune pe linia de comandă
-v o, --viziune dată
rulați rețele de viziune și părăsiți ADT
-d or --dmode moduri de
specificați un mod de afișare
modurile pot fi orice combinație de mod de afișare
'cpk': cpk
'linii': linii
'ss': panglică cu structură secundară
'sb': bețe și bile
'lic': lemn dulce
„ms” : suprafață moleculară
'ca': urmă C-alfa
'bt': urmă de coloană vertebrală
'sp': CA-spline
'sssb' : structura secundara pentru proteine, bastoane si bile pt
alte reziduuri cu linii de legături pentru alte reziduuri fără legături
-c or --cmode moduri de
specificați o schemă de culori pentru modul de afișare:
'ca': culoare după atom
„cr”: culoare după reziduu (schema RASMOL)
'cc': culoare după lanț
„cm” : culoare după moleculă
„cdg”: culoare folosind schema lui David Goodsell
„cs”: reziduuri de culoare folosind schema Shapely
„css”: culoare după elementul de structură secundară
EXEMPLU:
Afișați proteinele sub formă de panglică, neproteinele sub formă de bețișoare și bile și colorați după tipul de atom
adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb
adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb
Utilizați autodocktools online folosind serviciile onworks.net