Aceasta este comanda demux care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
demux - Convertiți restricțiile de distanță XPLOR în format Gromacs
REZUMAT
Demux md0.log suplimentar
DESCRIERE
Dacă doriți să vă faceți din nou traiectorii continue, puteți utiliza Demux a citi
fișierul dvs. md0.log (puteți concatena mai multe dacă este necesar) și produceți câteva rezultate
fișiere. Unul dintre acestea este un fișier .xvg (replica_ndx.xvg) care poate fi transmis trjcat(1) de-a lungul
cu fișierele de traiectorie originale, pentru a produce traiectorii continue. Celălalt
fișier (replica_temp.xvg) conține temperaturile pentru fiecare replică, începând cu or
temperatura initiala. Deci, dacă replica dvs. de interes începe de la, să zicem, 300 K, puteți urmări
traiectoria sa prin spatiul de temperatura. Ar fi interesant să adaug câteva
funcționalitate de a face histograme ale distribuțiilor de temperatură pentru fiecare replică, care
potrivit majorității autorilor, ar trebui să fie plat. Traiectoriile demuxate pot fi folosite cu
g_kinetics(1) pentru a obține cinetica de pliere a proteinelor din traiectorii REMD.
OPŢIUNI
md0.log Fișierul jurnal al traiectoriei pe care doriți să o faceți continuu. Mai multe fișiere pot fi
anexate împreună.
suplimentar De câte ori va fi copiată fiecare intrare din fișierul jurnal. (Întreg)
LIMITAREA
Dacă schimbul tău a fost fiecare N ps și ai salvat fiecare M ps pe care îl poți face pentru cei dispăruți
cadre prin setare suplimentar la (N/M - 1). Dacă N/M nu este întreg, nu ai noroc și tu
nu va putea deloc să vă demuxați traiectoriile.
Utilizați demux online folosind serviciile onworks.net