gmx-covar - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-covar - Calculați și diagonalizați matricea de covarianță

REZUMAT

gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-de [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-tu ] [-xvg ] [-[nu]potrivit]
[-[nu]ref] [-[nu]mwa] [-ultimul ] [-[nu]pbc]

DESCRIERE

GMX covar calculează și diagonalizează matricea de covarianță (ponderată în masă). Toate
structurile sunt adaptate structurii în fișierul de structură. Când aceasta nu este o alergare
periodicitatea fișierului de intrare nu va fi luată în considerare. Când grupele de potrivire și analiză
sunt identice și analiza nu este ponderată în masă, potrivirea va fi, de asemenea, non
ponderat în masă.

Vectorii proprii sunt scrieți într-un fișier de traiectorie (-v). Când aceiaşi atomi sunt folosiţi pentru
potrivirea și analiza covarianței, structura de referință pentru potrivire este scrisă mai întâi
cu t=-1. Media (sau referința când -ref este folosit) structura se scrie cu t=0,
vectorii proprii sunt scrieți ca cadre cu numărul vectorului propriu ca marca temporală.

Vectorii proprii pot fi analizați cu GMX anaeig.

Opțiune -ascii scrie întreaga matrice de covarianță într-un fișier ASCII. Ordinea lui
elementele sunt: ​​x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

Opțiune -xpm scrie întreaga matrice de covarianță la an .xpm fișier.

Opțiune -xpma scrie matricea de covarianță atomică la an .xpm fișier, adică pentru fiecare pereche de atomi
se scrie suma covarianțelor xx, yy și zz.

Rețineți că diagonalizarea unei matrice necesită memorie și timp care vor crește la
cel puțin la fel de rapid ca pătratul numărului de atomi implicați. Este ușor să rămâi fără
memorie, caz în care acest instrument va ieși probabil cu o „Eroare de segmentare”. Tu ar trebui
luați în considerare cu atenție dacă un set redus de atomi vă va satisface nevoile pentru costuri mai mici.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Traiectorie de precizie completă: trr cpt TNG

-de [<.gro/.g96/...>] (medie.pdb)
Fișier de structură: mare g96 pdb brk ent esp

-l [<.log>] (covar.log)
Fișier jurnal

-ascii [<.dat>] (covar.dat) (Opțional)
Fișier de date generice

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Opțional)
Fișier matrice compatibil X PixMap

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (Opțional)
Fișier matrice compatibil X PixMap

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-tu (ps)
Unitate pentru valorile timpului: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

-[nu]potrivit (da)
Se potrivește unei structuri de referință

-[nu]ref (Nu)
Utilizați abaterea de la conformație din fișierul de structură în loc de de la
in medie

-[nu]mwa (Nu)
Analiza covarianței ponderate în masă

-ultimul (-1)
Ultimul vector propriu de scris (-1 este până la ultimul)

-[nu]pbc (da)
Aplicați corecții pentru condițiile la limită periodice

Utilizați gmx-covar online folosind serviciile onworks.net