Aceasta este comanda gmx-densorder care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gmx-densorder - Calculați fluctuațiile de suprafață
REZUMAT
gmx denorder [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-Sau [<.out> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
[-Spect [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[acum] [-[nu]1d] [-bw ]
[-bwn ] [-Ordin ] [-axă ]
[-metodă ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblock ] [-nlevel ]
DESCRIERE
GMX densor reduce o distribuție a densității în două faze de-a lungul unei axe, calculată pe un MD
traiectorie, la suprafete 2D fluctuante in timp, printr-o potrivire la un profil functional pt
densități interfațiale. O reprezentare spațială medie în timp a interfețelor poate fi
ieșire cu opțiunea -tavg.
OPŢIUNI
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fișier de intrare portabil xdr run
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fișier index
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:
-o [<.dat>] (Density4D.dat) (Opțional)
Fișier de date generice
-Sau [<.out> [...]] (bună ziua afară) (Opțional)
Fișier de ieșire generic
-og [<.xpm> [...]] (interfață.xpm) (Opțional)
Fișier matrice compatibil X PixMap
-Spect [<.out> [...]] (intfspect.out) (Opțional)
Fișier de ieșire generic
Alte opțiuni:
-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie
-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie
-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)
-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere
-[nu]1d (Nu)
Geometria interfeței pseudo-1d
-bw (0.2)
Lățimea de distribuție a densității tangențială la interfață
-bwn (0.05)
Lățimea de distribuție a densității normală la interfață
-Ordin (0)
Ordinea filtrului gaussian, ordinea 0 echivalează cu NU filtrare
-axă (Z)
Direcția axei - X, Y sau Z
-metodă (împărţi în două)
Metoda de localizare a interfeței: bisect, funcțional
-d1 (0)
Faza de densitate în vrac 1 (la z mic)
-d2 (1000)
Faza de densitate în vrac 2 (la z mare)
-tblock (100)
Media numărului de cadre într-un singur bloc de timp
-nlevel (100)
Numărul de niveluri de înălțime în 2D - XPixMaps
Utilizați gmx-denorder online folosind serviciile onworks.net