gmx-sham - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-sham - Calculați energiile libere sau alte histograme din histograme

REZUMAT

gmx sham [-f [<.xvg>]] [-GE [<.xvg>]] [-ene [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]]
[-histo [<.xvg>]] [-cos [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[acum] [-xvg ]
[-[nu este timp] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[da din cap] [-[nu]falsă] [-tsham ]
[-pmin ] [- dim ] [-grid ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmax ]
[-gmax ] [-emin ] [-emax ]
[-nleveluri ]

DESCRIERE

GMX fals realizează diagrame multidimensionale de energie liberă, entalpie și entropie. GMX fals citește
una sau mai multe .xvg fișiere și analizează seturi de date. Scopul de bază al GMX fals este a complot
Peisaje cu energie liberă Gibbs (opțiune -ls) de către Bolzmann inversând multidimensional
histograme (opțiune -lp), dar poate produce și entalpie (opțiune -lsh) și entropia (opțiune
-lss) parcele. Histogramele pot fi făcute pentru orice cantități furnizate de utilizator. O linie înăuntru
fișierul de intrare poate începe cu o oră (vezi opțiunea -timp) și orice număr de y-valorile pot
urma. De asemenea, se pot citi mai multe seturi atunci când sunt separate prin & (opțiune -n), in acest
caz doar unul y-valoarea este citită de pe fiecare linie. Toate liniile care încep cu # și @ sunt
sărit.

Opțiune -GE poate fi folosit pentru a alimenta un fișier cu energii libere atunci când ansamblul nu este a
Ansamblul Boltzmann, dar trebuie să fie părtinit de această energie liberă. O valoare de energie gratuită este
necesare pentru fiecare punct de date (multidimensional) din -f intrare.

Opțiune -ene poate fi folosit pentru a alimenta un fișier cu energii. Aceste energii sunt folosite ca a
funcția de ponderare în metoda analizei histogramei unice de Kumar și colab. Cand
temperaturile sunt furnizate (ca a doua coloană în dosar), o ponderare experimentală
se aplică schema. În plus, valele sunt folosite pentru a face diagrame de entalpie și entropie.

Cu opțiunea - dim, dimensiunile pot fi date pentru distante. Când o distanță este 2- sau
Tridimensional, circumferința sau suprafața prelevată de două particule crește cu
distanta crescand. În funcție de ceea ce dorește să arate, se poate alege să corecteze
histograma și energia liberă pentru acest efect de volum. Probabilitatea este normalizată de r
și r^2 pentru dimensiunile 2 și, respectiv, 3. O valoare de -1 este folosită pentru a indica un
unghi în grade între doi vectori: se va aplica o normalizare sin(unghi). notițe
că pentru unghiurile dintre vectori produsul interior sau cosinusul este mărimea naturală a
utilizați, deoarece va produce coșuri de același volum.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.xvg>] (graph.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-GE [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-ene [<.xvg>] (esham.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-dist [<.xvg>] (ener.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-histo [<.xvg>] (edist.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-cos [<.ndx>] (bindex.ndx) (Opțional)
Fișier index

-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (Opțional)
Fișier matrice compatibil X PixMap

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Opțional)
Fișier matrice compatibil X PixMap

-lsh [<.xpm>] (enthalpy.xpm) (Opțional)
Fișier matrice compatibil X PixMap

-lss [<.xpm>] (entropie.xpm) (Opțional)
Fișier matrice compatibil X PixMap

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (Opțional)
Fișier banca de date proteine

-g [<.log>] (shamlog.log) (Opțional)
Fișier jurnal

Alte opțiuni:

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

-[nu este timp (da)
Așteptați-vă un timp în intrare

-b (-1)
Prima dată când citesc de pe set

-e (-1)
Ultima dată pentru a citi de pe set

-ttol (0)
Toleranță la timp în unitățile corespunzătoare (de obicei ps)

-n (1)
Citiți acest număr de seturi separate prin linii care conțin doar un ampersand

-[da din cap (Nu)
Folosiți derivatul

-[nu]falsă (da)
Opriți ponderarea energiei chiar dacă sunt date energii

-tsham (298.15)
Temperatura pentru analiza histogramei unice

-pmin (0)
Probabilitate minimă. Orice mai mic decât acesta va fi setat la zero

- dim (1 1 1)
Dimensiuni pentru distanțe, utilizate pentru corectarea volumului (max. 3 valori, dimensiuni > 3
va primi aceeași valoare ca ultimul)

-grid (32 32 32)
Numărul de pubele pentru peisaje energetice (max. 3 valori, dimensiuni > 3 vor primi
aceeași valoare ca ultimul)

-xmin (0 0 0)
Minimum pentru axele din peisajul energetic (vezi mai sus pentru > 3 dimensiuni)

-xmax (1 1 1)
Maxim pentru axele din peisajul energetic (vezi mai sus pentru > 3 dimensiuni)

-pmax (0)
Probabilitate maximă în ieșire, implicit este calculat

-gmax (0)
Energia maximă liberă la ieșire, implicit este calculată

-emin (0)
Entalpia minimă la ieșire, implicit este calculat

-emax (0)
Entalpia maximă la ieșire, implicit este calculat

-nleveluri (25)
Numărul de niveluri pentru peisajul energetic

Utilizați gmx-sham online folosind serviciile onworks.net