Aceasta este comanda gt-genomediff care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gt-genomediff - Calculează Kr: distanțele perechi dintre genomi.
REZUMAT
gt genomediff [opțiune...] (INDEX | -indexname NAME SEQFILE SEQFILE [...])
DESCRIERE
-tip index [...]
specificați tipul de index, unul dintre: esa|pck|encseq. Unde encseq este o secvență codificată și
o matrice de sufixe îmbunătățită va fi construită numai în memorie. (implicit: encseq)
-nume index [şir]
Numele de bază al encseq de construit. (implicit: nedefinit)
-unitfile [nume de fișier]
specifică unitățile genomice, vezi mai jos pentru descriere. (implicit: nedefinit)
-oglindită [da|nu]
atașați practic complementul invers al fiecărei secvențe (implicit: nu)
-pl [valoare]
specificați lungimea prefixului pentru recomandarea sortării găleții: utilizați fără argument; apoi o
lungimea rezonabilă a prefixului este determinată automat. (implicit: 0)
-DC [valoare]
specificați valoarea de acoperire a diferenței (implicit: 0)
- memlimit [şir]
specificați cantitatea maximă de memorie care trebuie utilizată în timpul construcției indexului (în octeți,
Cuvinte cheie MB și GB sunt permise) (implicit: nedefinit)
-scanare [da|nu]
nu încărcați esa index, ci scanați-l secvenţial. (implicit: da)
-thr [valoare]
Pragul pentru diferență (du, dl) în calculul divergenței. implicit: 1e-9
-abs_err [valoare]
eroare absolută pentru calculul Shulen așteptat. implicit: 1e-5
-rel_err [valoare]
eroare relativă pentru calculul Shulen așteptat. implicit: 1e-3
-M [valoare]
prag pentru logaritmul minim. implicit: DBL_MIN
-v [da|nu]
fie verbos (implicit: nu)
-Ajutor
afișați ajutorul pentru opțiunile de bază și ieșiți
-ajutor+
afișați ajutorul pentru toate opțiunile și ieșiți
-versiune
afișați informații despre versiune și ieșiți
Instrumentul genomediff acceptă doar introducerea ADN-ului.
Când este utilizat cu fișiere de secvență sau encseq, o matrice de sufixe îmbunătățită va fi construită în memorie.
ESA nu va fi creat complet, dar construcția va folosi - memlimit ca prag
și construiți-l parțial, calculând lungimea Shu pentru fiecare parte.
Format de fișier pentru opțiune -unitfile (în sintaxa Lua):
unități = {
genom1 = { "cale/fișier1.fa", "fișier2.fa" },
genome2 = { „fișier3.fa”, „cale/fișier4.fa” }
}
Dați calea fișierelor așa cum au fost date instrumentului encseq! Poți să folosești
$ gt encseq info INDEXNAME
pentru a obține o listă de fișiere într-o secvență codificată.
Rândurile de comentarii în Lua încep cu -- si va fi ignorat.
Consultați GTDIR/testdata/genomediff/unitfile1.lua pentru un exemplu.
Opţiuni -pl, -DC și - memlimit sunt opțiuni pentru a influența construcția ESA.
RAPORTAREA GANDACI
Raportați erori lawillrodt@zbh.uni-hamburg.de>.
Utilizați gt-genomediff online folosind serviciile onworks.net