hmm2emit - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

hmm2emit - generează secvențe dintr-un profil HMM

REZUMAT

hmm2emit [Opțiuni] hmmfile

DESCRIERE

hmm2emit citește un fișier HMM din hmmfile care conține unul sau mai multe HMM-uri și generează a
numărul de secvențe din fiecare HMM; sau, dacă -c este selectată opțiunea, generați o singură opțiune
consensul majoritar-regula. Acest lucru poate fi util pentru diverse aplicații în care aveți nevoie de a
simularea secvențelor în concordanță cu un consens de familie de secvențe.

În mod implicit, hmm2emit generează 10 secvențe și le emite în format FASTA (nealiniat).

OPŢIUNI

-a Scrieți secvențele generate într-un format aliniat (SELEX) și nu FASTA.

-c Preziceți o singură secvență de consens cu reguli majorității în loc de secvențe de eșantionare
din distribuția de probabilitate a HMM. Reziduuri foarte conservate (p >= 0.9 pentru
ADN, p >= 0.5 pentru proteină) sunt prezentate cu litere mari; altele sunt prezentate cu litere mici.
Unele state inserate pot deveni parte a consensului regulilor majorității, pentru că sunt
utilizat în >= 50% din secvențele generate; atunci când se întâmplă acest lucru, reziduurile generate de insert
sunt afișate pur și simplu ca „x”.

-h Imprimați un scurt ajutor; include numărul versiunii și rezumatul tuturor opțiunilor, inclusiv
opțiuni de experți.

-n Genera secvente. Implicit este 10.

-o Salvați secvențele sintetice în fișier mai degrabă decât să le scrii la stdout.

-q Liniște; suprimați toate ieșirile, cu excepția secvențelor în sine. Util pentru conducte
sau direcționarea ieșirii.

EXPERT OPŢIUNI

--samanta
Setați sămânța aleatoare la , Unde este un număr întreg pozitiv. Implicit este utilizarea
timp() pentru a genera o sămânță diferită pentru fiecare rulare, ceea ce înseamnă că două diferite
rulează de hmm2emit pe același HMM va da rezultate ușor diferite. Poți să folosești
această opțiune pentru a genera rezultate reproductibile.

Utilizați hmm2emit online folosind serviciile onworks.net