Aceasta este comanda idfetch care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
idfetch - preluați datele biologice de pe serverul NCBI ID1
REZUMAT
idfetch [-] [-F str] [-G nume de fișier] [-Q nume de fișier] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l nume de fișier] [-n] [-o nume de fișier] [-q str] [-s str] [-t N]
DESCRIERE
idfetch este un client pentru serverul ID1 al NCBI, care conține o bază de date mare de adnotate
secvente biologice.
OPŢIUNI
Un rezumat al opțiunilor este inclus mai jos.
- Imprimați mesajul de utilizare
-F str Adăugați tipurile de caracteristici specificate (delimitate prin virgulă); valorile permise sunt CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, ARNt și microARN.
-G nume de fișier
Fișier cu lista de GI-uri, aderări (versionate), FASTA SeqID-uri de aruncat
-Q nume de fișier
Generați lista GI prin interogarea Entrez în nume de fișier; cere -dn or -dp.
-c N Complexitate maximă:
0 obține întregul blob (implicit)
1 obțineți bioseq de interes
2 obțineți setul minim de bioseq care conține bioseq de interes
3 obțineți nuc-prot minim care conține bioseq de interes
4 obțineți setul minim de pub care conține bioseq-ul de interes
-d str Baza de date de utilizat (cu -q, pote fi oricare n pentru nucleotide sau p pentru proteine).
-e N Număr de entitate (număr de recuperare) de descărcat
-f str SeqId aplatizat. Formate posibile:
tip([nume][,[acces][,[eliberaţi][,versiune]]]) ca „5(HUMHBB)”
tip=acces
tip:număr
(tip este un număr care indică subtipul ASN.1 Seq-id.)
-g N ID GI pentru o singură entitate de descărcat
-i N Tip de căutare:
0 obține Seq-entry (implicit)
1 obține starea GI (ieșire la stderr)
2 obțineți SeqIds
3 obțineți istoricul GI (doar schimbarea secvenței)
4 obțineți istoricul revizuirilor (orice modificare a ASN.1)
-l nume de fișier
Fișier jurnal
-n Ieșiți numai lista de indicații geografice (cu -q și -Q).
-o nume de fișier
Nume fișier pentru ieșire (implicit = stdout)
-q str Generați lista gi prin interogare Entrez. Necesită -dn or -dp.
-s str SeqId în stil FASTA ÎNCHIS ÎN CITELE. Formate:
lcl|int or str
bbs|int
bbm|int
gb|ACC|loc
emb|ACC|loc
pir|ACC|nume
sp|ACC|nume
pat|ţară|brevet|urm
gi|int
dbj|ACC|loc
prf|ACC|nume
pdb|intrare|lanţ
-t N Tipul de ieșire:
1 text ASN.1 (implicit)
2 ASN binar.1
3 GenBank (numai pentru intrarea secv.)
4 GenPept (doar pentru intrarea secv.)
5 FASTA (tabel pentru istorie)
6 scoruri de calitate (doar pentru intrarea secv.)
7 Entrez DocSums
8 FASTA complement invers
Utilizați idfetch online folosind serviciile onworks.net