Aceasta este componenta de comandă care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
insegt - date de secvențiere din a doua generație care se intersectează cu adnotare
REZUMAT
inserție [OPȚIUNI]
DESCRIERE
INSEGT este un instrument pentru a analiza alinierea citirilor ARN-Seq (single-end sau paired-end)
prin utilizarea adnotărilor genetice.
Intrarea în INSEGT este un fișier SAM care conține aliniamentele și un fișier care conține
adnotări ale genomului de referință, fie în format GFF sau GTF.
-h, --Ajutor
Afișează acest mesaj de ajutor.
--versiune
Afișează informații despre versiune
Opțiuni: :
-ro, --citire-ieșire FILE
Nume fișier de ieșire pentru citire-ieșire, care conține adnotările mapate urmate de
adnotarea părintelui lor. Tipul de fișier valid este: gff.
-ao, --anno-ieșire FILE
Nume fișier de ieșire pentru anno-output, care conține adnotări similare cu GFF
intrare și, în plus, numărătoarea citirilor mapate și expresia normalizată
niveluri în RPKM. Tipul de fișier valid este: gff.
-la, --tuplu-ieșire FILE
Nume fișier de ieșire pentru tuple-output, care conține tupluri exon conectate prin citiri sau
perechi de pereche. Tipul de fișier valid este: gff.
-fo, --fuziune-ieșire STR
Nume fișier de ieșire pentru fusion-output, care conține un tuplu exon de fuziuni de gene
(Opțiune avansată, momentan fără port de ieșire pentru KNIME). Unul dintre gff.
-n, --ntuplu INT
ntuple Implicit: 2.
-o, --offset-interval INT
Decalaj la intervale scurte de aliniere pentru căutare. Implicit: 5.
-t, --lacunele-prag INT
Prag pentru golurile permise în aliniere (nu introni). Implicit: 5.
-c, --număr-prag INT
Prag pentru min. număr de tuplu pentru ieșire. Implicit: 1.
-r, --prag-rpkm DUBLA
Prag pentru min. RPKM de tuplu pentru ieșire. Implicit: 0.0.
-m, --max-tuplu
Creați numai maxTuple (care sunt acoperite de întreaga citire).
-e, --exact-ntuplu
Creați numai tuplu de lungime exactă n. În mod implicit, toate tuplurile până la lungimea dată
sunt calculate (dacă -m este setat, -e vor fi ignorate).
-u, --orientare-necunoscută
Orientarea citirilor este necunoscută.
EXEMPLE
insegt
exemplu/aliniamente.sam exemplu/adnotări.gff
Rulați INSEGT pe fișiere exemplu cu parametri impliciti.
insegt -m exemplu/aliniamente.sam exemplu/adnotări.gff
Rulați INSEGT pe fișiere exemplu și calculați numai maxTuple.
insegt -c 2 exemplu/alinieri.sam exemplu/adnotări.gff
Rulați INSEGT pe fișiere exemplu și scoateți numai tuplu cu un min. număr de 2.
VERSIUNE
Versiune inserție: 1.0 Ultima actualizare 2012-09-11
Utilizați insegt online folosind serviciile onworks.net