kaalign - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

kalign - realizează alinierea multiplă a secvenţelor biologice.

REZUMAT

kalign [infile.fasta] [outfile.fasta] [Opțiuni]

kalign [-i infile.fasta] [-O outfile.fasta] [Opțiuni]

kalign [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [Opțiuni]

DESCRIERE

Kalin este un instrument de linie de comandă pentru a efectua alinierea multiplă a secvențelor biologice. Aceasta
folosește algoritmul de potrivire a șirurilor Muth?Manber, pentru a îmbunătăți atât precizia, cât și viteza
a aliniamentului. Utilizează o abordare globală, de aliniere progresivă, îmbogățită prin folosirea unui
algoritm aproximativ de potrivire a șirurilor pentru a calcula distanțe de secvență și prin încorporare
potriviri locale în alinierea altfel globală.

OPŢIUNI

-s -gpo -gapopen -gap_deschis x
Penalty deschis Gap .

-e -gpe -gap_ext -gapeextensie x
Penalizare pentru extinderea golului.

-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Penalizări pentru distanța terminală.

-m -primă -bonus_matrice x
O constantă adăugată la matricea de substituție.

-c -fel <intrare, copac, goluri.>
Ordinea în care apar secvențele în alinierea de ieșire.

-g -caracteristică
Selectează modul caracteristică și specifică ce caracteristici vor fi utilizate: de exemplu, toate, maxplp,
STRUCT, PFAM-A?

-același_scor_funcție
Scor pentru alinierea acelorași caracteristici.

-diff_feature_score
Penalizare pentru alinierea diferitelor caracteristici.

-d -distanţă <wu, pereche>
Metoda distantei

-b -copac -ghid-arborele <nj, upgma>
Metoda arborelui ghid.

-z -zcutoff
Parametru utilizat în calculul distanței bazat pe wu-manber.

-i -în -intrare
Numele fișierului de intrare.

-o -afară -ieșire
Numele fișierului de ieșire.

-a -gap_inc
Mărește penalitățile pentru decalaj în funcție de numărul de lacune existente.

-f -format <rapid, msf, aln, clu, macsim>
Formatul de ieșire.

-q -Liniște
Nu imprimați nimic la STDERR. Nu citiți nimic din STDIN.

REFERINȚE

· Timo Lassmann și Erik LL Sonnhammer (2005) Kalin - un multiplu precis și rapid
algoritm de aliniere a secvenței. BMC Bioinformatics 6:298

· Timo Lassmann, Oliver Frings și Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
alinierea multiplă de înaltă performanță a secvențelor de proteine ​​și nucleotide permițând
caracteristici externe. Nucleic Acid Research 3:858-865.

AUTORI

Cimbru Lassmann <timolassmann@gmail.com>
Autorul din amonte al lui Kalin.

Charles Plessy <plessy@debian.org>
Am scris pagina de manual.

DREPTURI DE AUTOR

Copyright © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann

Kalin este un software gratuit. Îl puteți redistribui și/sau modifica în conformitate cu termenii
Licența publică generală GNU așa cum este publicată de Free Software Foundation.

Această pagină de manual a fost scrisă de Charles Plessyplessy@debian.org> pentru Debian(TM)
sistem (dar poate fi folosit de alții). Se acordă permisiunea de a copia, distribui și/sau
modificați acest document în aceleași condiții ca și kalign însuși.

Pe sistemele Debian, textul complet al GNU General Public License versiunea 2 poate fi
gasit in /usr/share/common-licenses/GPL-2.

Utilizați kaalign online folosind serviciile onworks.net