macsyfinder - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

macsyfinder - pagină de manual pentru macsyfinder 1.0.2

DESCRIERE

utilizare: macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[--db-type {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}]
[--replicon-topology {liniar,circular}] [--topology-file TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[--inter-gene-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--min-obligatoriu-gene-required MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--min-genes-required MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-gene MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--multi-loci
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-value-search
E_VALUE_RES] [--i-evalue-select I_EVALUE_SEL] [--coverage-profile COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-search-sufix
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-extract-sufix RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--profile-sufix PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [--previous-run PREVIOUS_RUN] sisteme [sisteme ...]

MacSyFinder este un instrument pentru detectarea sistemelor de secreție proteică a bacteriilor diderme
dintr-un set de date de proteine.

pozitional argumente:
sisteme
Sistemele de detectat. Aceasta este o opțiune obligatorie cu niciun cuvânt cheie asociat
aceasta. Pentru a detecta toate sistemele de secreție de proteine ​​și anexele aferente: setați la
„toate” (insensibil la majuscule). În caz contrar, pot fi specificate un singur sistem sau mai multe sisteme.
De exemplu: „T2SS T4P”.

facultativ argumente:
-h, --Ajutor
afișați acest mesaj de ajutor și ieșiți

Intrare date CCD opţiuni:
--secvență-db SEQUENCE_DB
Calea către setul de date secvență în format fasta.

--db-type {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}
Tipul de set de date cu care trebuie tratat. „unordered_replicon” corespunde unui
genom neasamblat, „neordonat” la un set de date metagenomice, „ordered_replicon” la
un genom asamblat și „gembase” la un set de repliconi în care identificatorii de secvență
urmați această convenție: „>RepliconName SequenceID”.

--replicon-topologie {liniar, circular}
Topologia replicon-urilor (această opțiune are sens numai dacă db_type este
„ordered_replicon” sau „gembase”.

--topology-file TOPOLOGY_FILE
Calea fișierului topologie. Fișierul de topologie permite specificarea unei topologii (liniară sau
circular) pentru fiecare replicon (această opțiune are sens numai dacă db_type este
„ordered_replicon” sau „gembase”. Un fișier de topologie este un fișier tabelar cu două
coloane: prima este numele repliconului, iar a doua topologia corespunzătoare:
„RepliconA liniar”

--idx Forțează să construiască indecșii pentru setul de date secvență chiar dacă aceștia au fost anterior
calculat și prezent în locația setului de date (implicit = Fals)

sisteme detectare opţiuni:
--inter-gene-max-spațiu INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
Criteriul de co-localizare: numărul maxim de componente nepotrivite de un profil
permis între două componente potrivite pentru ca acestea să fie considerate învecinate. Opțiune
semnificativ doar pentru seturile de date „ordonate”. Prima valoare trebuie să se potrivească cu un sistem, the
al doilea după un număr de componente. Această opțiune poate fi repetată de mai multe ori:
"--inter-gene-max-space T2SS 12 --inter-gene-max-spațiu Flagellum 20"

--min-genele-obligatorii-necesare MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_NEQUIRED
Numărul minim de gene obligatorii necesare pentru evaluarea sistemului. Primul
valoare trebuie să corespundă unui nume de sistem, a doua valoare unui număr întreg. Această opțiune
poate fi repetat de mai multe ori: „--minmandatory-gene-required T2SS 15
--min-obligatoriugene-necesare Flagellum 10"

--min-genele-necesare MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_NEQUIRED
Numărul minim de gene necesare pentru evaluarea sistemului (le include pe ambele
componente „obligatorii” și „accesorii”). Prima valoare trebuie să corespundă cu a
nume de sistem, a doua valoare la un număr întreg. Această opțiune poate fi repetată de mai multe ori
ori: "--min-genesrequired T2SS 15 --min-genele-necesare Flagellum 10"

--max-nb-gene MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
Numărul maxim de gene necesare pentru evaluarea sistemului. Prima valoare trebuie
corespund unui nume de sistem, a doua valoare unui număr întreg. Această opțiune poate fi
repetat de mai multe ori: „--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-gene Flagelul 10

--multi-loci MULTI_LOCI
Permite stocarea sistemelor multi-loci pentru sistemele specificate. Sistemele sunt
specificat ca o listă separată prin virgulă (--multi-loci sys1,sys2) implicit este False

Opţiuni pentru Hmmer execuție și afişări filtrare:
--hmmer HMMER_EXE
Calea către programul Hmmer.

--index-db INDEX_DB_EXE
Indexerul care va fi folosit pentru Hmmer. Valoarea poate fi fie „makeblastdb”, fie
„formatdb” sau calea către unul dintre aceste binare (implicit = makeblastb)

--e-value-search E_VALUE_RES
Valoarea e maximă pentru accesări care urmează să fie raportate în timpul căutării Hmmer. (implicit = 1)

--i-evaluează-selectează I_EVALUE_SEL
Valoarea e independentă maximă pentru loviturile Hmmer care urmează să fie selectată pentru detectarea sistemului.
(implicit = 0.001)

--profil-acoperire COVERAGE_PROFILE
Acoperire minimă a profilului necesară în alinierea loviturii pentru a permite selectarea loviturii
pentru detectarea sistemului. (implicit = 0.5)

Cale opţiuni:
-d DEF_DIR, --def DEF_DIR
Calea către fișierele de definire a sistemelor.

-o OUT_DIR, --out-dir OUT_DIR
Calea către directorul în care să stocați rezultatele. dacă outdir este specificat res-search-dir
va fi ignorat.

-r RES_SEARCH_DIR, --res-search-dir RES_SEARCH_DIR
Calea către directorul în care să stocați directoarele cu rezultatele căutării MacSyFinder
(directorul de lucru curent implicit).

--res-search-sufix RES_SEARCH_SUFFIX
Sufixul de dat fișierelor de ieșire brute Hmmer.

--res-extract-sufix RES_EXTRACT_SUFFIX
Sufixul de dat fișierelor de ieșire cu accesări filtrate.

-p PROFILE_DIR, --profile-dir PROFILE_DIR
Calea către directorul de profiluri.

--sufix-de-profil PROFILE_SUFFIX
Sufixul fișierelor de profil. Pentru fiecare element „Genă”, profilul corespunzător este
căutat în „profile_dir”, într-un fișier al cărui nume se bazează pe numele genei +
sufix de profil. De exemplu, dacă gena este numită „gspG” și sufixul este
„.hmm3”, apoi profilul trebuie plasat în locația specificată și denumit
„gspG.hmm3”

General opţiuni:
-w WORKER_NB, --muncitor LUCRĂTOR_NB
Numărul de lucrători care vor fi utilizați de MacSyFinder. În cazul în care utilizatorul dorește să ruleze
MacSyFinder într-un mod multithread. (0 înseamnă că toate nucleele vor fi utilizate, implicit 1)

-v, --verbositate
Crește nivelul de verbozitate. Există 4 niveluri: Mesaje de eroare (implicit),
Avertizare (-v), Info (-vv) și Depanare.(-vvv)

--Buturuga FIȘIER JURNAL
Calea către directorul în care să stocați fișierul jurnal „macsyfinder.log”.

--config CFG_FILE
Calea către un presupus fișier de configurare MacSyFinder care urmează să fie utilizat.

--execuția-anterioră PREVIOUS_RUN
Calea către un director de rulare MacSyFinder anterior. Vă permite să săriți peste Hmmer
pasul de căutare pe același set de date, deoarece utilizează rezultatele executării anterioare și, prin urmare, parametrii
referitor la detectarea Hmmer. Fișierul de configurare din această rulare anterioară va fi
folosit. (conflict cu opțiunile --config, --secvență-db, --sufix-de-profil,
--resextract-sufix, --e-value-res, --db-type, --hmmer)

Pentru mai multe detalii, vizitați site-ul web MacSyFinder și consultați documentația MacSyFinder.

Utilizați macsyfinder online folosind serviciile onworks.net