mhap - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

mhap - suprapunerea secvenței probabilistice

DESCRIERE

Vă rugăm să setați -s sau -p Opțiuni. Vedeți opțiunile de mai jos: MHAP: Protocol de aliniere MinHash.
Un instrument pentru găsirea suprapunerilor de secvențe cu citire lungă (cum ar fi PacBio sau Nanopore) în
bioinformatica.

Versiune: 1.6, Timp de construire: 09 12:2015 Utilizare 11 (execuție directă): java
Server -Xmx -borcan -s[-q
fişier>] [-f ] Utilizare 2 (generează precalculat
binare): java Server -Xmx -borcan -p
-q [-f ]

--aliniere, implicit = fals
Opțiune experimentală.

--alignment-offset, implicit = -0. 535
Decalajul pentru a ține cont de variația scorului de potrivire de aliniere.

--scor de aliniere, implicit = 1.0E-6
Scorul limită pentru potrivirile de aliniere.

--filtru-prag, implicit = 1.0E-5
[dublu], limita la care este considerat k-mer din fișierul de filtru k-mer
repetitiv. Această valoare pentru un anumit k-mer este specificată în a doua coloană în
fișierul de filtrare. Dacă nu este furnizat niciun fișier de filtrare, această opțiune este ignorată.

--Ajutor, implicit = fals
Afișează meniul de ajutor.

--max-shift, implicit = 0.2
[dublu], dimensiunea regiunii la stânga și la dreapta suprapunerii estimate, așa cum este derivată
de la deplasarea mediană și lungimea secvenței, unde potrivirile k-mer sunt încă
considerat valabil. Doar filtrul din a doua etapă.

--min-lungimea-magazinului, implicit = 0
[int], lungimea minimă a citirii care este stocată în casetă. Folosit pentru a filtra
citiri scurte din fișierul FASTA.

--nanopori-rapid, implicit = fals
Setați toți parametrii pentru setările rapide Nanopore. Acesta este cel mai bun curent
orientare și se poate schimba în orice moment fără avertisment.

--nu-sine, implicit = fals
Nu calculați suprapunerile dintre secvențele din interiorul unei casete. Ar trebui folosit atunci când
la și de la secvențele provin din fișiere diferite.

--num-hash-uri, implicit = 512
[int], numărul de min-mers care trebuie utilizat în MinHashing.

--num-min-potriviri, implicit = 3
[int], minim # min-mer care trebuie partajat înainte de a calcula filtrul din a doua etapă.
Orice secvențe sub această valoare sunt considerate nesuprapuse.

--num-fire, implicit = 12
[int], numărul de fire de execuție de utilizat pentru calcul. Setat de obicei la 2 x #core.

--pacbio-rapid, implicit = fals
Setați toți parametrii pentru setarea rapidă PacBio. Acesta este cel mai bun curent
orientare și se poate schimba în orice moment fără avertisment.

--pacbio-sensibil, implicit = fals
Setați toți parametrii pentru setările sensibile PacBio. Acesta este cel mai bun curent
orientare și se poate schimba în orice moment fără avertisment.

--store-full-id, implicit = fals
Stocați ID-urile complete așa cum se vede în fișierul FASTA, în loc să stocați doar secvența
poziție în dosar. Unele fișiere FASTA au ID-uri lungi, încetinind rezultatul.
Această opțiune este ignorată când se utilizează formatul de fișier comprimat.

--prag, implicit = 0.04
[dublu], pragul de limită a scorului de similaritate pentru a doua etapă sortare-combinare
filtru. Aceasta se bazează pe numărul mediu de k-meri care se potrivesc în suprapunere
regiune.

--versiune, implicit = fals
Afișează versiunea și timpul de construire.

--ponderat, implicit = fals
Efectuați MinHashing ponderat.

-f, implicit = ""
Fișierul de filtrare k-mer utilizat pentru filtrarea k-merilor foarte repetitivi. Trebuie sortat
în ordinea descrescătoare a frecvenței (a doua coloană).

-h, implicit = fals
Afișează meniul de ajutor.

-k, implicit = 16
[int], dimensiunea k-mer utilizată pentru MinHashing. Dimensiunea k-mer pentru filtrul de a doua etapă este
separate și nu pot fi modificate.

-p, implicit = ""
Numai utilizarea 2. Directorul care conține fișiere FASTA în care ar trebui convertite
format binar pentru stocare.

-q, implicit = ""
Utilizare 1: fișierul FASTA de citiri sau un director de fișiere cu care va fi comparat
setul de citiri din casetă (vezi -s). Utilizare 2: directorul de ieșire pentru binar
fișiere dat formatate.

-s, implicit = ""
Numai utilizarea 1. Fișierul FASTA sau binar dat (vezi Utilizarea 2) de citiri care vor fi
stocate într-o cutie și cu care toate citirile ulterioare vor fi comparate.

Utilizați mhap online folosind serviciile onworks.net