Aceasta este comanda mirabait care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
mirabait - selectați citiri dintr-o colecție de citit
REZUMAT
mirabait [-f ] [-t [-t ...]] [-iklor] baitfile infile
DESCRIERE
mirabait selectează citiri dintr-o colecție de citire care sunt parțial similare sau egale cu
secvențe definite ca momeli țintă. Asemănarea este definită prin găsirea unui utilizator ajustabil
număr de k-meri comuni (secvențe de k baze consecutive) care sunt aceleași în momeală
secvențele și secvențele ecranate care urmează să fie selectate, fie înainte, fie înapoi
direcția complementului.
OPŢIUNI
-f
încărcați acest tip de fișiere de proiect, unde fromtype este:
secvențe caf din CAF
secvențe maf din MAF
secvențe de doctorat dintr-un doctorat
secvențe gbf dintr-un GBF
secvențe fasta dintr-un FASTA
secvențe fastq dintr-un FASTQ
-t
scrieți secvențele de acest tip (mențiuni multiple ale -t sunt permise):
secvențe fasta la FASTA
secvențe fastq la FASTQ
secvențe caf la CAF
secvențe maf la MAF
nume de secvență txt în fișierul text
-k k-mer, lungimea momelii în baze (<32, implicit=31)
-n Min. numărul de momeli k-mer necesare (implicit=1)
-i Lovitură inversă: scrie numai secvențe care nu lovesc momeală
-r Nu se verifică direcția inversă a complementului
-o offset calitate fastq (numai pentru -f = 'fastq') Compensarea valorilor de calitate în FASTQ
fişier. Implicit: 33 O valoare de 0 încearcă să recunoască automat.
-f
încărcați acest tip de fișiere de proiect, unde fromtype este:
secvențe caf din CAF
secvențe maf din MAF
secvențe de doctorat dintr-un doctorat
secvențe gbf dintr-un GBF
secvențe fasta dintr-un FASTA
secvențe fastq dintr-un FASTQ
-t
scrieți secvențele de acest tip (mențiuni multiple ale -t sunt permise):
secvențe fasta la FASTA
secvențe fastq la FASTQ
secvențe caf la CAF
secvențe maf la MAF
nume de secvență txt în fișierul text
-k k-mer, lungimea momelii în baze (<32, implicit=31)
-n Min. numărul de momeli k-mer necesare (implicit=1)
-i Lovitură inversă: scrie numai secvențe care nu lovesc momeală
-r Nu se verifică direcția inversă a complementului
-o offset calitate fastq (numai pentru -f = 'fastq') Compensarea valorilor de calitate în FASTQ
fişier. Implicit: 33 O valoare de 0 încearcă să recunoască automat.
Utilizați mirabait online folosind serviciile onworks.net