Aceasta este comanda watere care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
apă - Smith-Waterman alinierea locală a secvenţelor
REZUMAT
de apă -secventa secvenţă -secventa seqall [-fișier de date matrixf] -gapopen pluti
-gapeextend pluti -scurt boolean -outfile alinia
de apă -Ajutor
DESCRIERE
de apă este un program de linie de comandă de la EMBOSS („software-ul european deschis de biologie moleculară
Suită"). Face parte din grupul (grupurile) de comenzi „Aliniere:Local”.
OPŢIUNI
Intrare secțiune
-secventa secvenţă
-secventa seqall
-fișier de date matrixf
Acesta este fișierul matricei de scoring folosit la compararea secvențelor. Implicit este
fișierul „EBLOSUM62” (pentru proteine) sau fișierul „EDNAFULL” (pentru secvențe nucleice). Aceste
fișierele se găsesc în directorul „date” al instalării EMBOSS.
Necesar secțiune
-gapopen pluti
Penalizarea pentru deschiderea decalajului este scorul luat atunci când este creat un decalaj. Cea mai bună valoare
depinde de alegerea matricei de comparație. Valoarea implicită presupune că utilizați
matricea EBLOSUM62 pentru secvențele de proteine și matricea EDNAFULL pentru nucleotide
secvente. Valoare implicită: @($(acdprotein)? 10.0 : 10.0)
-gapeextend pluti
Penalizarea de extindere a decalajului se adaugă la penalitatea de decalaj standard pentru fiecare bază sau
reziduuri în gol. Așa sunt penalizate decalajele de timp. De obicei, te vei aștepta la câteva
goluri lungi, mai degrabă decât multe spații scurte, astfel încât penalizarea extinderii decalajului ar trebui să fie mai mică
decât penalizarea decalajului. O excepție este cazul în care una sau ambele secvențe sunt citiri simple
cu posibile erori de secvențiere, caz în care v-ați aștepta la multe lacune de bază unice.
Puteți obține acest rezultat setând penalitatea de deschidere a decalajului la zero (sau foarte scăzută) și
folosind penalizarea de extindere a decalajului pentru a controla scorul decalajului. Valoare implicită:
@($(acdprotein)? 0.5 : 0.5)
producție secțiune
-scurt boolean
Scurtă identitate și similitudine Valoare implicită: Y
-outfile alinia
Utilizați watere online folosind serviciile onworks.net