Aceasta este aplicația Linux numită BamBam a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca bambam-1.4.tgz. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită BamBam cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
Bam Bam
DESCRIERE:
BamBam include numeroase instrumente pentru analizarea datelor de secvențiere a ADN-ului de ultimă generație. Sunt furnizate instrumente pentru apelarea SNP-urilor și a indel-urilor, identificarea ștergerilor la scară mare, tabelarea numărului de citiri mapate, analiza de metilare și multe altele.
Depinde de SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/) și BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools). De asemenea, utilizează BioPerl, care este inclus în fișierul tarball de descărcare.
DESCRIERE
- apelați SNP-uri și indel-uri
- imputa genotipuri
- construiți secvențe de consens
- tabelați numărul de citiri mapate (ARN-seq)
- deduceți fazarea haplotipului cu gruparea K-means
- analiza metilarea ADN-ului (secvențierea bisulfiților)
Public
Știință/Cercetare
Limbaj de programare
Perl, C++
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/bambam/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.