Aceasta este aplicația Linux numită EigenMS, care rulează în Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca EigenMS.zip. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită EigenMS pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
EigenMS va rula online în Linux
DESCRIERE:
EigenMS este o metodă de normalizare implementată în R (și versiunea mai veche în Matlab) disponibilă ca un set de două funcții care ar trebui utilizate într-o secvență.Vă rugăm să descărcați fișierul EigenMS.zip (ultima versiune).
Cea mai recentă versiune încărcată în octombrie 2017 are o remediere a erorilor pentru normalizarea unui singur grup de tratament.
Redimensionarea a fost omisă din 2015.
EigenMS utilizează SVD pentru a detecta tendințele de părtinire a datelor și le elimină. EigenMS elimină efectele factorilor cunoscuți și necunoscuți și poate fi utilizat pentru orice platformă -omică.
Am arătat utilitatea sa în LC-MS/MS și metabolomică în următoarele două lucrări:
1) PMID: 19602524. „Normalizarea intensităților de vârf în proteomica bazată pe MS de jos în sus folosind descompunerea valorii singulare”.
Karpievitch YV, Taverner T, Adkins JN, Callister SJ, Anderson GA, Smith RD, Dabney AR.
Bioinformatica 2009
2) „Normalizarea datelor metabolomice cu EigenMS”
Karpievitch YV, Nikolic SB, Wilson R, Sharman JE, Edwards LM.
PLoS One 2014
Public
Știință/Cercetare
Limbaj de programare
MATLAB, S/R
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/eigenms/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.