Aceasta este aplicația Linux numită rRNAFinder a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca rRNAFinder-v1.1.1.zip. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită rRNAFinder cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
rRNAFinder
DESCRIERE:
rRNAFinder este un mic pachet de software perl, care poate fi utilizat pentru a prezice și clasifica automat genele ARN-ului ribozomului folosind ca intrare conturile genomului/metagenomului asamblate. Software-ul a fost testat doar pe sistemul de operare Linux.
Programul „rRNAFinder.pl” inclus în pachet folosește programul nhmmer de căutare în bazele de date arc.hmm, bac.hmm și euk.hmm pentru a identifica genele ARNr din conturile de intrare. Genele ARNr predicate includ genele ARNr 16S, 18S, 23S, 28S, 5S și 5.8S.
Programul „rna2taxon.pl” acceptă secvențele de gene ARNr în format fasta generate mai sus ca intrare pentru a produce atribuirile taxonomice pentru genele de intrare. Secvențele genei ARNr de intrare sunt căutate în bazele de date SILVA SSU și LSU descărcate și reformatate folosind blastn.
Vă rugăm să consultați fișierul README.md din depozitul rRNAFinder GitHub situat la https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder pentru instrucțiuni despre configurarea și rularea rRNAFinder
DESCRIERE
- Preziceți genele ARNr (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s gene rARN)
- Atribuirea taxonomică a genelor ARNr prezise folosind căutarea blastn împotriva bazelor de date SILVA SSU și LSU
- Rapid și poate folosi mai multe fire CPU
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Linie de comanda
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.