autodocktools - онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

adt - AutoDockTools, графический интерфейс для AutoDock

СИНТАКСИС

запуститьAdt [кредита]

ОПИСАНИЕ

Эта страница руководства является почти дословным переводом вывода, предоставленного запуститьAdt -h
команда.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Сводка опций приведена ниже. Полное описание см. В
учебные пособия и документация, доступные в Интернете.

-час, --Помогите
Показать сводку опций.

-a or --опять таки
воспроизвести файл lastlog

--overwriteLog
перезаписать файл журнала

--uniqueLog
создать файл журнала с уникальным именем

--нолог
выключить ведение журнала

--noSplash
выключить заставку

--умереть не запускать цикл событий графического интерфейса пользователя

- настройщик файл
запустить указанный пользователем файл

--lib имя пакета
добавить библиотеки команд

-v r, --зрение пробег
запускать сети Vision в командной строке

-v o, --зрение консолидировать
запустить сети видения и выйти из ADT

-d or --dmode Режимы
указать режим отображения
режимы могут быть любой комбинацией режимов отображения
'cpk': cpk
'lines': строки
'ss': лента вторичной структуры
'sb': клюшки и мячи
'lic': солодка
'ms': молекулярная поверхность
'ca': трассировка C-альфа
'bt': трассировка магистрали
'sp': CA-сплайн
'sssb': вторичная структура для белков, палочек и шариков для
другие остатки с линиями связей для других остатков без связей

-c or --cmode Режимы
укажите цветовую схему режима отображения:
'ca': цвет по атому
'cr': окраска по остатку (схема РАСМОЛ)
cc: цвет по цепочке
'см': цвет по молекуле
'cdg': раскрасьте по схеме Дэвида Гудселла
'cs': остатки цвета с использованием схемы Shapely
'css': цвет по элементу вторичной структуры

Пример:

отображать белок в виде ленты, небелковые - в виде палочек и шариков и цвет по типу атома

adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb

adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb

Используйте autodocktools онлайн с помощью сервисов onworks.net