Это команда fastq-stats, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
fastq-stats - ea-utils: производит много легко усваиваемой статистики
СИНТАКСИС
fastq-статистика [кредита]
ОПИСАНИЕ
Версия: 1.01 $ Id: fastq-stats.cpp 652 2013 09: 17: 17Z Earonesty $
Создает много легко усваиваемой статистики для перечисленных файлов.
Варианты
-c cyclemax: максимальное количество циклов, для которых производится следующая статистика качества [35] -w INT
window: максимальный размер окна для генерации повторяющейся статистики чтения [2000000] -d отлаживать:
распечатывает отладочные операторы -D не делайте повторяющуюся статистику чтения -s INT число вершины
повторяющиеся чтения для отображения -x FIL output fastx statistics (требуется имя выходного файла) -b
Разбивка базы вывода FIL по качеству файлов в каждом цикле.
Устанавливает cylemax на самую длинную длину чтения
-L FIL Длина вывода рассчитывается
В стандартный вывод выводятся следующие данные:
читает: # читает в файле fastq
len: длина чтения. mean и stdev предоставляются для переменной длины чтения
phred: используется шкала phred
размер окна
: Количество чтений, используемых для генерации повторяющейся статистики чтения.
цикл-макс
: Количество оснований для оценки двуличности
dups: количество повторений чтения.
% dup: Pct выполняет дублирование чтения
уникальная последовательность дубликатов
: Номерные серии, которые дублируются.
минимальное количество дубликатов
: Наименьшее количество дубликатов для любой повторяющейся последовательности
дублировать последовательность
: Список 10 самых частых повторяющихся чтений, а также среднее значение и стандартное отклонение.
qual: минимальное, максимальное и среднее базовое качество
% A,% T,% C,% G
: базовые проценты
Всего баз
: общее количество баз
Используйте fastq-stats онлайн с помощью сервисов onworks.net