Это команда gmx-covar, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-covar - вычисляет и диагонализирует ковариационную матрицу
СИНТАКСИС
gmx ковар [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-средний [<.gro / .g96 / ...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-дт ] [-ту ] [-xvg ] [- [нет] подходит]
[- [нет] исх.] [- [нет] мва] [-последний ] [- [нет] pbc]
ОПИСАНИЕ
GMX ковар вычисляет и диагонализует ковариационную матрицу (взвешенную по массе). Все
структуры соответствуют структуре в файле структуры. Когда это не бег
Периодичность входного файла учитываться не будет. Когда подходят и аналитические группы
идентичны, и анализ не взвешен по массе, аппроксимация также не будет
массово-взвешенный.
Собственные векторы записываются в файл траектории (-v). Когда одни и те же атомы используются для
анализ подгонки и ковариации, сначала записывается справочная структура для подбора
с t = -1. Среднее (или справочное, когда -ссылка используется) структура записывается с t = 0,
собственные векторы записываются как кадры с номером собственного вектора в качестве отметки времени.
Собственные векторы можно анализировать с помощью GMX Anaeig.
Опция -ascii записывает всю ковариационную матрицу в файл ASCII. Порядок проведения
элементы: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
Опция -xpm записывает всю ковариационную матрицу в .xpm .
Опция -xpma записывает атомную матрицу ковариации в .xpm файл, т.е. для каждой пары атомов
записывается сумма ковариаций xx, yy и zz.
Обратите внимание, что диагонализация матрицы требует памяти и времени, которые увеличиваются при
меньше, чем квадрат числа задействованных атомов. Легко исчерпать
памяти, и в этом случае этот инструмент, вероятно, завершится с ошибкой сегментации. Вам следует
внимательно подумайте, удовлетворит ли сокращенный набор атомов ваши потребности с меньшими затратами.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.xvg>] (собственный вал.xvg)
xvgr / xmgr файл
-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Полная точность траектории: TRR CPT тнг
-средний [<.gro / .g96 / ...>] (средний.pdb)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно
-l [<.log>] (covar.log)
Журнальный файл
-ascii [<.dat>] (ковар.дата) (Опционально)
Файл общих данных
-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap
-xpma [<.xpm>] (ковара.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-ту (Пс)
Единица для значений времени: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
- [нет] подходит (да)
Подходит к справочной структуре
- [нет] исх. (Нет)
Используйте отклонение от соответствия в файле структуры вместо
в среднем
- [нет] мва (Нет)
Весовой ковариационный анализ
-последний (-1)
Последний собственный вектор для записи (-1 до последнего)
- [нет] pbc (да)
Внесите поправки для периодических граничных условий
Используйте gmx-covar онлайн с помощью сервисов onworks.net