Это команда gmx-densorder, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-densorder - Расчет колебаний поверхности
СИНТАКСИС
GMX денсордер [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [Или [<.out> [...]]] [-OG [<.xpm> [...]]]
[-Спект [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-дт ] [-[Теперь] [- [нет] 1д.] [-BW ]
[-жирный ] [-порядок ] [-ось ]
[-метод ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tблок ] [-nуровень ]
ОПИСАНИЕ
GMX денсордер уменьшает двухфазное распределение плотности вдоль оси, вычисленное по МД
траектории к 2D-поверхностям, колеблющимся во времени, путем подгонки к функциональному профилю для
межфазные плотности. Усредненное по времени пространственное представление интерфейсов может быть
вывод с опцией -тавг.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-n [<.ndx>] (индекс.ndx)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.dat>] (Плотность4D.dat) (Опционально)
Файл общих данных
Или [<.out> [...]] (привет. выход) (Опционально)
Общий выходной файл
-OG [<.xpm> [...]] (интерфейс.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap
-Спект [<.out> [...]] (intfspect.out) (Опционально)
Общий выходной файл
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
- [нет] 1д. (Нет)
Геометрия псевдо-1d интерфейса
-BW (0.2)
Ширина бункера распределения плотности по касательной к границе раздела.
-жирный (0.05)
Ширина бункера распределения плотности по нормали к интерфейсу
-порядок (0)
Порядок фильтра Гаусса, порядок 0 соответствует НЕТ фильтрации
-ось (Z)
Направление оси - X, Y или Z
-метод (пополам)
Способ расположения интерфейса: пополам, функциональный
-d1 (0)
Фаза 1 объемной плотности (при малых z)
-d2 (1000)
Фаза 2 насыпной плотности (при больших z)
-tблок (100)
Количество кадров в среднем за один временной блок
-nуровень (100)
Количество уровней высоты в 2D - XPixMaps
Воспользуйтесь gmx-densorder онлайн через сервисы onworks.net