Это команда gmx-possible, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-Potential - Рассчитайте электростатический потенциал на коробке.
СИНТАКСИС
gmx потенциал [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-o [<.xvg>]] [-ок [<.xvg>]] [-из [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-дт ] [-[Теперь] [-xvg ]
[-d ] [-сл ] [-кб ] [-это ]
[-тц ] [- [нет] сферический] [-ng ] [- [нет] правильно]
ОПИСАНИЕ
GMX потенциал вычисляет электростатический потенциал на коробке. Потенциал
рассчитывается путем сначала суммирования зарядов на срез, а затем двукратного интегрирования этого
распределение заряда. Периодические границы не учитываются. Ссылка на
потенциал считается левой частью коробки. Также возможно вычислить
потенциал в сферических координатах как функция r путем вычисления распределения заряда
в сферических срезах и дважды их объединяя. epsilon_r принимается равным 1, но 2 больше
уместно во многих случаях.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-n [<.ndx>] (индекс.ndx)
Индексный файл
-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.xvg>] (потенциал.xvg)
xvgr / xmgr файл
-ок [<.xvg>] (заряд.xvg)
xvgr / xmgr файл
-из [<.xvg>] (поле.xvg)
xvgr / xmgr файл
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
-d (Z)
Возьмите нормаль к мембране в направлении X, Y или Z.
-сл (10)
Вычислите потенциал как функцию длины коробки, разделив коробку на это количество
ломтики.
-кб (0)
Отбросьте это количество первых кусочков коробки для интеграции
-это (0)
Отбросьте это количество последних кусочков коробки для интеграции
-тц (0)
Переведите все координаты на это расстояние в направлении прямоугольника.
- [нет] сферический (Нет)
Рассчитать сферическую штучку
-ng (1)
Количество групп для рассмотрения
- [нет] правильно (Нет)
Предположите чистый нулевой заряд групп для повышения точности
KNOWN ВОПРОСЫ
· Не следует отбрасывать срезы для интеграции.
Используйте gmx-потенциал онлайн с помощью сервисов onworks.net