Это команда gmx-trjorder, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-trjorder - упорядочивает молекулы в соответствии с их расстоянием до группы.
СИНТАКСИС
GMX трьерордер [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...>]] [оболочка [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-дт ] [-xvg ] [созданный ]
[-in ] [- [нет] ком] [-r ] [- [нет] г]
ОПИСАНИЕ
GMX Trjorder упорядочивает молекулы в соответствии с наименьшим расстоянием до атомов в эталоне
группа или по координате z (с опцией -z). При дистанционном заказе запрашивается
группа эталонных атомов и группа молекул. Для каждого кадра траектории
выбранные молекулы будут переупорядочены в соответствии с кратчайшим расстоянием между атомами
номер -in в молекуле и все атомы в контрольной группе. Центр масс
молекулы можно использовать вместо эталонного атома, задав -in до 0. Все атомы в
траектории записываются в выходную траекторию.
GMX Trjorder может быть полезен, например, для анализа n вод, ближайших к белку. В этом
если контрольной группой будет белок, а группа молекул будет состоять из
все атомы воды. Когда составлена индексная группа из первых n вод, упорядоченные
траекторию можно использовать с любой программой GROMACS для анализа n ближайших водоемов.
Если выходной файл .pdb файл, расстояние до опорной цели будет сохранено в
поле B-фактора для окраски, например, Расмолом.
С опцией оболочка количество молекул в оболочке радиуса -r вокруг
справочная группа распечатана.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.xtc / .trr / ...>] (заказанный.xtc) (Опционально)
Траектория: экстаз TRR Гру g96 PDB тнг
оболочка [<.xvg>] (nshell.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
созданный (3)
Количество атомов в молекуле
-in (1)
Атом, используемый для расчета расстояния, 0 - это COM
- [нет] ком (Нет)
Используйте расстояние до центра масс опорной группы.
-r (0)
Отсечка, используемая для расчета расстояния при вычислении количества молекул в
оболочка вокруг, например, белка
- [нет] г (Нет)
Упорядочить молекулы по координате z
Используйте gmx-trjorder онлайн с помощью сервисов onworks.net