hhsearch - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

hhsearch - поиск по базе данных HMM с выравниванием запроса или запросом HMM

СИНТАКСИС

hhsearch. -i запрос -d база данных [кредита]

ОПИСАНИЕ

HHsearch версии 2.0.16 (январь 2013 г.) Поиск в базе данных HMM с согласованием по запросу или
запрос HMM (C) Йоханнес Сёдинг, Майкл Реммерт, Андреас Бигерт, Андреас Хаузер Содинг,
J. Определение гомологии белков путем сравнения HMM-HMM. Биоинформатика 21: 951-960 (2005).

-i
ввод / запрос множественного выравнивания последовательностей (a2m, a3m, FASTA) или HMM

-d
База данных HMM объединенных HMM в формате hhm, HMMER или a3m, ИЛИ, если файл содержит
расширение pal, список имен файлов HMM, по одному в каждой строке. Несколько dbs, HMM или приятель
файлы с -d ' ... '

может быть "stdin" или "stdout" повсюду.

Результат опции:
-o
записывать результаты в стандартном формате в файл (по умолчанию = )

-Офас
записывать попарные выравнивания значимых совпадений в формате FASTA Аналогично для
вывод в формате a3m, a2m и psi (например, -Oa3м)

-oa3м
записывать MSA значимых совпадений в формате a3m Аналогично для вывода в формате a2m, psi,
и формат hhm (например, -охм)

-e [0,1]
Отсечка E-значения для включения в множественное выравнивание (по умолчанию = 0.001)

-seq
Максимум. количество отображаемых последовательностей запросов / шаблонов (def = 1) Остерегайтесь переполнений! Все
эти последовательности хранятся в памяти.

-конс показать консенсусную последовательность как основную последовательность запроса MSA

-ноконы
не показывать согласованную последовательность при выравнивании (по умолчанию = показывать)

-нопред
не показывать прогнозируемую 2-ю структуру в выравниваниях (по умолчанию = показывать)

-nodssp
не показывать в выравнивании вторую структуру DSSP (по умолчанию = показать)

-ssconf
показать достоверность предсказанной второй структуры в выравниваниях

-p
минимальная вероятность в сводном и согласованном списке (def = 20)

-E
максимальное значение E в сводном и согласованном списке (по умолчанию = 1E + 06)

-Z
максимальное количество строк в итоговом списке совпадений (по умолчанию = 500)

-z
минимальное количество строк в итоговом хит-листе (по умолчанию = 10)

-B
максимальное количество выравниваний в списке выравниваний (по умолчанию = 500)

-b
минимальное количество выравниваний в списке выравнивания (по умолчанию = 10)

-алив [40, .. [
количество столбцов в строке в списке выравнивания (по умолчанию 80)

-dbstrlen
максимальная длина строки базы данных для печати в hhr файле

Фильтр запроса множественного выравнивания последовательностей

-Я бы [0,100] максимальная идентичность парных последовательностей (%) (по умолчанию = 90)

-различие [0, inf [
фильтровать MSA, выбирая самый разнообразный набор последовательностей, сохраняя, по крайней мере, это количество
seqs в каждом блоке MSA длиной 50 (по умолчанию = 100)

-ков [0,100] минимальное покрытие с запросом (%) (по умолчанию = 0)

-кид [0,100] минимальная идентичность последовательности с запросом (%) (по умолчанию = 0)

-qsc [0,100] минимальный балл за столбец с запросом (по умолчанию = -20.0)

-нефф [1, инф]
целевое разнообразие выравнивания (по умолчанию = выключено)

вход выравнивание Формат:
-M a2m использовать A2M / A3M (по умолчанию): верхний регистр = соответствие; нижний регистр = Вставить; '-' = Удалить; '.' знак равно
зазоры выровнены со вставками (могут быть опущены)

-M первый
используйте FASTA: столбцы с остатком в 1-й последовательности являются состояниями совпадения

-M [0,100]
используйте FASTA: столбцы с менее чем X% пробелов являются состояниями совпадения

-tags НЕ нейтрализует His-, C-myc-, FLAG-теги и последовательность распознавания трипсина, чтобы
фоновое распределение

ХММ-ХММ выравнивание опции:
-norealign
НЕ перенастраивайте отображаемые совпадения с помощью алгоритма MAC (def = realign)

-макт [0,1 [
порог апостериорной вероятности для повторного выравнивания MAC (по умолчанию = 0.350) Элементы управления параметрами
жадность выравнивания: 0: глобальная> 0.1: локальная

-шар/ -loc
использовать режим глобального / локального выравнивания для поиска / ранжирования (def = local)

-ниже
показать это множество значимых альтернативных выравниваний (def = 2)

-вит использовать алгоритм Витерби для поиска / ранжирования (по умолчанию)

-мак использовать алгоритм максимальной точности (MAC) для поиска / ранжирования

-вперед
использовать прямую вероятность для поиска

-искл.
исключить позиции запроса из выравнивания, например, "1-33,97-168"

-сдвиг [-1,1 XNUMX]
смещение очков (по умолчанию = -0.03)

-корректировать [0,1]
вес члена для парных корреляций (def = 0.10)

-SC оценка аминокислот (tja: шаблон HMM в столбце j) (def = 1)

0 = log2 Sum (tja * qia / pa) (pa: aa фоновые частоты)

1 = log2 Сумма (tja * qia / pqa) (pqa = 1/2 * (pa + ta))

2 = log2 Sum (tja * qia / ta) (ta: средние частоты aa в шаблоне)

3 = log2 Sum (tja * qia / qa) (qa: средн. Частота aa в запросе)

5-местная коррекция аминокислотного состава

-ссм {0, .., 4}
0: нет оценки ss 1,2: ss оценки после или во время выравнивания [по умолчанию = 2] 3,4: ss
подсчет очков после или во время выравнивания, прогнозируемый или прогнозируемый

-ССВ [0,1] вес балла ss по сравнению с баллом столбца (по умолчанию = 0.11)

-сса [0,1] Матрица подстановки SS = (1-ssa) * I + ssa * full-SS-подстановка-матрица
[def = 1.00)

разрыв стоят опции:
-гапб [0, inf [
Примесь переходного псевдосчета (def = 1.00)

-пробел [0, inf [
Примесь переходного псевдосчета для открытого разрыва (по умолчанию = 0.15)

-зиять [0,1.5]
Примесь переходного псевдосчета для расширенного зазора (def = 1.00)

-гапф ] 0, инф]
коэффициент увеличения / уменьшения штрафа за открытие пробела для удалений (по умолчанию = 0.60)

-гапг ] 0, инф]
коэффициент увеличения / уменьшения штрафа за открытие зазора для пластин (по умолчанию = 0.60)

-гаф ] 0, инф]
коэффициент увеличения / уменьшения штрафа за удаление пробелов (по умолчанию = 0.60)

-гапи ] 0, инф]
коэффициент увеличения / уменьшения штрафа за удлинение зазора для пластин (по умолчанию = 0.60)

-egq [0, inf [штраф (биты) за концевые зазоры, выровненные по остаткам запроса (по умолчанию = 0.00)

-например [0, inf [штраф (биты) за концевые зазоры, выровненные по остаткам шаблона (по умолчанию = 0.00)

Псевдосчет (ПК) опции:
-пкм {0, .., 3}
позиционная зависимость pc примеси 'tau' (режим pc, по умолчанию = 2) 0: нет псевдосчетов:
tau = 0 1: константа tau = a 2: зависит от разнообразия: tau = a / (1 +
((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: количество эффективных последовательностей в локальном MSA вокруг столбца i)
3: псевдосчет с постоянным разнообразием

-пка [0,1] общая примесь псевдосчета (по умолчанию = 1.0)

-печатная плата [1, inf [пороговое значение Neff для -пкм 2 (по умолчанию = 1.5)

-пкк [0,3] показатель ослабления c для -пкм 2 (по умолчанию = 1.0)

Зависит от контекста псевдосчет:
-неконтекст
использовать матрицу подстановки вместо псевдосчетов, зависящих от контекста

-контекст контекстный файл для вычисления контекстно-зависимых псевдосчетов
(по умолчанию =. / data / context_data.lib)

-cslib
файл состояния столбца для быстрой предварительной фильтрации базы данных (по умолчанию =. / data / cs219.lib)

-CSW [0, inf] вес центральной позиции в режиме псевдосчета cs (def = 1.6)

-CSB [0,1] параметр уменьшения веса для позиций в режиме cs pc (по умолчанию = 0.9)

Прочее опции:
-ЦПУ
количество используемых ЦП (для SMP с общей памятью) (по умолчанию = 1)

-v
подробный режим: 0: без вывода на экран 1: только предупреждения 2: подробный

-максрес
максимальное количество столбцов HMM (по умолчанию = 15002)

-максмем [1, inf [максимальный объем доступной памяти в ГБ (по умолчанию = 3.0)

-Оценки записать оценки для всех парных сравнений в файл

-спокойствие {0, .., 3} калибровка эмпирической оценки 0: запрос 1: шаблон 2: оба

по умолчанию 3: оценка параметров EVD на основе нейронной сети

Пример: hhsearch -i а.1.1.1.а3м -d scop70_1.71.ххм

Используйте hhsearch онлайн с помощью сервисов onworks.net