Это команда indigo-depict, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
indigo-depict - утилита для визуализации молекул и реакций
СИНТАКСИС
индиго-изображать infile. {mol, rxn, cml, smi} Outfile. {png, svg, pdf} [параметры]
индиго-изображать infile. {cml, rdf, rdf.gz, sdf, sdf.gz, smi} Outfile_% s. {png, svg, pdf} [параметры]
индиго-изображать infile.smi Outfile. {cml, mol, rdf, rxn, sdf} [параметры]
индиго-изображать - УЛЫБКИ Outfile. {cml, mol, pdf, png, rxn, svg} [параметры]
индиго-изображать -Помощь
ОПИСАНИЕ
индиго-изображать используется для изображения молекул.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
индиго-изображать может читать входные файлы или код SMILES со стандартного ввода. Это может быть
за которым следует один или несколько из следующих параметров.
-w
Ширина изображения в пикселях
-h
Высота изображения в пикселях
-связь
Средняя длина облигации в пикселях
-наценки
Поля по горизонтали и вертикали в пикселях. По умолчанию нет полей
-толщина
Установите коэффициент относительной толщины. По умолчанию 1.0
-ширина линии
Установите коэффициент ширины линии скрепления. По умолчанию 1.0
-этикетка
Установите режим отображения метки атома. По умолчанию конечный гетеро
-гидро
Показать неявные водороды. По умолчанию on
- [де] аромат
Принудительная [де] ароматизация
-стерео
Режим отображения стереогрупп. По умолчанию старый
-cdbwsa
Центральные двойные связи, которые имеют соседнюю стереосвязь (по умолчанию отключено)
-запрос Рассматривать входные данные как молекулу запроса или реакцию (по умолчанию отключено)
-марки
Рассматривать входные данные как молекулу или реакцию SMARTS-запроса (по умолчанию отключено)
-idfield
Поле SDF / RDF должно быть помещено вместо '% s' в именах сохраненных файлов (по умолчанию
молекула / номер реакции)
-катализаторы
Размещение катализаторов реакции относительно стрелки. По умолчанию над и под
-комментарий
Текстовый комментарий, который нужно разместить над молекулой или реакцией. Нет значения по умолчанию
-комментарий
Вертикальное расстояние (в пикселях) между комментарием и структурой
-комментарий
Использовать указанное поле SDF / RDF в качестве комментария
-комментарий
Используйте название молекулы / реакции в качестве комментария
-комментировать
Коэффициент размера шрифта текстового комментария относительно толщины связки. По умолчанию 6
-комментарии
Положение текстового комментария (по умолчанию внизу)
-комментарий <0..1>
Выравнивание текстового комментария, значение с плавающей запятой: 0 = слева, 0.5 = центр, 1 = право
-раскраска
Включить / отключить раскраску. По умолчанию on
толстый
Включить выделение толстыми линиями и жирными символами
-hlcolor
Включить выделение цветом. Значения компонентов должны быть в диапазоне [0 255 ..]
-bgcolor
Установите цвет фона. Значения компонентов должны быть в диапазоне [0 255 ..]
-базовый цвет
Установите цвет переднего плана по умолчанию. Значения компонентов должны быть в диапазоне [0 255 ..]
-aamcolor
Установите цвет индексов AAM. Значения компонентов должны быть в диапазоне [0 255 ..]
-dsgcolor
Установите цвет данных SGroups. Значения компонентов должны быть в диапазоне [0 255 ..]
-комментарий
Установите цвет комментария. Значения компонентов должны быть в диапазоне [0 255 ..]
-атомные числа
Показать номера атомов (только для целей отладки)
-облигации
Показать номера облигаций (только для целей отладки)
на основе
Начните индексы атома и связи с единицы. По умолчанию с нуля
-Помощь Распечатать это справочное сообщение
ПРИМЕРЫ
индиго-изображать infile.mol Outfile.png -раскраска от -аром
индиго-изображать база данных.sdf молекула_% s.png -idfield cdbregno -толщина 1.1
индиго-изображать база данных.smi база данных.sdf
индиго-изображать - CC. [O -] [* -] ([O -]) = O запрос.png -запрос
индиго-изображать - OCO >> CC (C) N реакция.rxn
Используйте индиго-изображение онлайн с помощью сервисов onworks.net