Это команда mia-3dmotioncompica-nonrigid, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
mia-3dmotioncompica-nonrigid - Нелинейная регистрация серии 3D изображений.
СИНТАКСИС
Миа-3dmotioncompica-нежесткий -i -o [опции]
ОПИСАНИЕ
Миа-3dmotioncompica-нежесткий Эта программа реализует 3D-версию движения.
алгоритм компенсации, описанный в Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ,
"Автоматическая компенсация движения при свободном дыхании, полученные данные о перфузии миокарда
с использованием независимого компонентного анализа ", Анализ медицинских изображений, 2012 г.,
DOI: 10.1016 / j.media.2012.02.004.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Файл-IO
-i --in-file = (ввод, обязательно); io
входные изображения последовательно пронумерованных полей (nameXXXX.ext) Для поддерживаемых
типы файлов см. ПЛАГИНЫ: 3dimage / io
-o --out-file = (вывод, обязательно); io
имя выходного изображения (в виде строки формата C, включая% 04d для определения
нумерация файлов) Для поддерживаемых типов файлов см. ПЛАГИНЫ: 3dimage / io
--save-refs =
сохранить эталонные изображения, данная строка используется в качестве базы имени файла,
числовой шаблон следует за входными изображениями, а выходной формат всегда
'перспектива'
--save-regs =
сохранить промежуточные зарегистрированные изображения, данная строка используется как имя файла
основание, числовой узор следует за входными изображениями, а формат вывода -
всегда "перспектива"
--save-coeffs =
сохранить матрицу микширования в текстовый файл
--save-features =
сохранять изображения функций как PNG
Документи & Инфо
-V --verbose = предупреждение
многословность вывода, печать сообщений заданного уровня и более высокого приоритета.
Поддерживаемые приоритеты, начиная с самого низкого уровня:
info - Сообщения низкого уровня
прослеживать - Трассировка вызова функции
неудача - Сообщать об ошибках тестирования
предупреждение - Предупреждения
ошибка - Сообщать об ошибках
отлаживать - Вывод отладки
сообщение - Нормальные сообщения
роковой - Сообщать только о фатальных ошибках
--авторское право
распечатать информацию об авторских правах
-ч --помощь
распечатать эту справку
-? --использование
распечатать краткую справку
--версия
распечатайте номер версии и выйдите
ICA
-C --components = 0
Компоненты ICA 0 = автоматическая оценка Компоненты ICA 0 = автоматические
Индивидуальный расчет
- не нормализовать
не нормализованные ИС
--no-средняя полоса
не удаляйте среднее значение из кривых смешения
-k --skip = 0
пропускать изображения в начале серии, например, потому что они другие
пропускать изображения в начале серии, например, потому что они
имеют другие формы
-m --max-ica-iter = 400
максимальное количество итераций в ICA максимальное количество итераций в ICA
Обработка
--threads = -1
Максимальное количество потоков для обработки, это число должно быть меньше
или равно количеству ядер логического процессора в машине. (-1:
автоматическая оценка) .Максимальное количество потоков для обработки.
число должно быть меньше или равно количеству ядер логического процессора в
машина. (-1: автоматическая оценка).
Регистрация
-O --optimizer = gsl: opt = gd, step = 0.1
Оптимизатор, используемый для минимизации
-a --start-c-rate = 32
начальный коэффициент скорости в шипах, делится на --c-rate-divider с
коэффициент запуска каждого прохода в шипах, делится на --c-rate-divider
с каждым проходом
--c-rate-divider = 4
делитель скорости передачи для каждого пассажира делитель скорости передачи для каждого прохода
-d --start-divcurl = 20
начальный вес divcurl, делится на --divcurl-divider с каждым проходом
вес divcurl, делится на --divcurl-divider при каждом проходе
--divcurl-divider = 4
масштабирование веса divcurl с каждым новым
новый пропуск
-w --imagecost = image: weight = 1, cost = ssd,
стоимость изображения
-l --mg-levels = 3
уровни с несколькими разрешениями
-P --passes = 3
регистрационные пропуска
ПЛАГИНЫ: 3dimage / io
анализировать Проанализировать изображение 7.5
Распознаваемые расширения файлов: .HDR, .hdr.
Поддерживаемые типы элементов:
8 бит без знака, 16 бит со знаком, 32 бит со знаком, 32 бита с плавающей запятой,
64 бит с плавающей запятой
пул данных Виртуальный ввод-вывод во внутренний пул данных и из него
Распознаваемые расширения файлов:. @
DICOM Серия изображений Dicom как 3D
Распознаваемые расширения файлов: .DCM, .dcm.
Поддерживаемые типы элементов:
16 бит со знаком, 16 бит без знака
hdf5 HDF5 3D изображение IO
Распознаваемые расширения файлов: .H5, .h5.
Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 64-разрядный со знаком, 64-разрядный без знака, с плавающей запятой
точка 32 бит, с плавающей точкой 64 бит
Inria Изображение INRIA
Распознаваемые расширения файлов: .INR, .inr.
Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой
MHD MetaIO 3D image IO с использованием реализации VTK (экспериментальная).
Распознаваемые расширения файлов: .MHA, .MHD, .mha, .mhd.
Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой
изящный NIFTI-1 3D изображение IO
Распознаваемые расширения файлов: .NII, .nii.
Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, без знака 32 бит, знак 64 бит, без знака 64 бит, с плавающей запятой 32
бит, с плавающей запятой 64 бит
ВФФ Растровый формат VFF Sun
Распознаваемые расширения файлов: .VFF, .vff.
Поддерживаемые типы элементов:
8 бит без знака, 16 бит со знаком
перспектива 3D вид
Распознаваемые расширения файлов: .V, .VISTA, .v, .vista.
Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 32-разрядный с плавающей запятой, 64-разрядный с плавающей запятой
бит
ВТИ 3D-изображение VTK-XML, ввод и вывод (экспериментально).
Распознаваемые расширения файлов: .VTI, .vti.
Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой
ВТК Ввод и вывод устаревших изображений 3D VTK (экспериментально).
Распознаваемые расширения файлов: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage.
Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 32-разрядный с плавающей запятой, 64-разрядный с плавающей запятой
бит
ПРИМЕР
Зарегистрируйте серию перфузии, представленную на изображениях imagesXXXX.v, с помощью ICA 4-го класса.
предварительный расчет. Пропустить два изображения в начале, использовать не более 4 потоков регистрации, nlopt
оптимизатор на основе и другие параметры используют параметры по умолчанию. Сохраните результат в
зарегистрированныйXXXX.v
mia-3dmotioncompica-nonrigid -i images0000.v -o зарегистрировано% 04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt: opt = ld-var1, xtola = 0.001, ftolr = 0.001, maxiter = 300
Авторы)
Герт Волльни
АВТОРСКИЕ ПРАВА
Это программное обеспечение защищено авторскими правами (c) 1999-2015 гг., Лейпциг, Германия, и Мадрид, Испания. Это приходит
с СОВЕРШЕННО ОТСУТСТВИЕМ ГАРАНТИЙ, и вы можете распространять его в соответствии с условиями GNU
ОБЩАЯ ОБЩЕСТВЕННАЯ ЛИЦЕНЗИЯ Версия 3 (или новее). Для получения дополнительной информации запустите программу с
вариант '- авторское право'.
Используйте mia-3dmotioncompica-nonrigid онлайн с помощью сервисов onworks.net